La disciplina en la encrucijada de la informática y las ciencias biológicas, que implica organizar, mantener y analizar datos de campos como la biología molecular, la genética y la genómica.
Estoy buscando recursos (tutoriales, libros de texto, webcast, etc.) para aprender sobre Markov Chain y HMM. Mi experiencia es como biólogo, y actualmente estoy involucrado en un proyecto relacionado con la bioinformática. Además, ¿cuáles son los conocimientos matemáticos necesarios que necesito...
Me pregunto si hace una diferencia en la interpretación si solo el dependiente, tanto el dependiente como el independiente, o solo las variables independientes se transforman logarítmicamente. Considere el caso de log(DV) = Intercept + B1*IV + Error Puedo interpretar el IV como el porcentaje...
La distribución binomial negativa (NB) se define en enteros no negativos y tiene una función de masa de probabilidad F( k ; r , p ) = ( k + r - 1k) pk( 1 - p )r.f(k;r,p)=(k+r−1k)pk(1−p)r.f(k;r,p)={\binom {k+r-1}{k}}p^{k}(1-p)^{r}.¿Tiene sentido considerar una distribución continua en reales no...
Sé que mi pregunta / título no es muy específico, así que intentaré aclararlo: Las redes neuronales artificiales tienen diseños relativamente estrictos. Por supuesto, en general, están influenciados por la biología e intentan construir un modelo matemático de redes neuronales reales, pero nuestra...
Más recientemente, leí dos artículos. El primero trata sobre el historial de la correlación y el segundo trata sobre el nuevo método llamado Coeficiente de información máximo (MIC). Necesito su ayuda para comprender el método MIC para estimar correlaciones no lineales entre variables. Además, las...
La distribución binomial negativa se ha convertido en un modelo popular para los datos de recuento (específicamente el número esperado de lecturas de secuenciación dentro de una región dada del genoma de un experimento dado) en bioinformática. Las explicaciones varían: Algunos lo explican como...
Tengo un conjunto de datos de prueba altamente desequilibrado. El conjunto positivo consta de 100 casos, mientras que el conjunto negativo consta de 1500 casos. En el lado del entrenamiento, tengo un grupo de candidatos más grande: el conjunto de entrenamiento positivo tiene 1200 casos y el...
Esta es una pregunta ingenua de alguien que comienza a aprender el aprendizaje automático. Estoy leyendo en estos días el libro "Aprendizaje automático: una perspectiva algorítmica" de Marsland. Lo encuentro útil como libro introductorio, pero ahora me gustaría entrar en algoritmos avanzados, los...
Espero que alguien en estos foros pueda ayudarme con este problema básico en los estudios de expresión génica. Hice una secuenciación profunda de un tejido experimental y uno de control. Luego obtuve valores de enriquecimiento doble de genes en la muestra experimental sobre el control. El genoma...
Recientemente me gradué con mi maestría en modelado médico y biológico, acompañado de matemáticas de ingeniería como fondo. A pesar de que mi programa educativo incluía una cantidad significativa de cursos sobre estadística matemática (ver a continuación una lista), que manejé con calificaciones...
¿Por qué se usaría la edad y la edad al cuadrado como covariables en un estudio de asociación genética? Puedo entender el uso de la edad si se ha identificado como una covariable significativa, pero no sé cómo usar el cuadrado de la
Fondo biologico Con el tiempo, algunas especies de plantas tienden a duplicar sus genomas completos, obteniendo una copia adicional de cada gen. Debido a la inestabilidad de esta configuración, muchos de estos genes se eliminan y el genoma se reorganiza y se estabiliza, listo para duplicarse...
Siempre decimos que las estadísticas solo se trata de datos. Pero también sabemos que la informática también está obteniendo conocimiento del análisis de datos. Por ejemplo, las personas bioinformáticas pueden pasar totalmente sin bioestadística. Quiero saber cuál es la diferencia esencial entre...
Tengo un GLMM de la forma: lmer(present? ~ factor1 + factor2 + continuous + factor1*continuous + (1 | factor3), family=binomial) Cuando lo uso drop1(model, test="Chi"), obtengo resultados diferentes a los que uso Anova(model, type="III")del paquete del automóvil o summary(model). Estos dos...
Ejemplos: Tengo una oración en la descripción del trabajo: "Ingeniero senior de Java en el Reino Unido". Quiero usar un modelo de aprendizaje profundo para predecirlo en 2 categorías: English y IT jobs. Si uso el modelo de clasificación tradicional, solo puede predecir 1 etiqueta con...
Actualmente estoy estudiando el siguiente caso de Neil Owen, basado en el siguiente artículo que encontré un periódico: "Un estudiante de 20 años fue encarcelado de por vida ayer por la brutal violación y asesinato de una colegiala, después de uno de los mayores programas de pruebas de ADN en la...
Para ser honesto, he leído muchos sitios web y respuestas con respecto a esta pregunta, y ninguno lo explicó en palabras simples que sean comprensibles. Lo que quiero hacer es comprender qué hace una caminata aleatoria y cómo se puede usar para el Análisis de enriquecimiento de conjuntos de...
He leído los excelentes comentarios sobre cómo lidiar con los valores perdidos antes de aplicar SVD, pero me gustaría saber cómo funciona con un ejemplo simple: Movie1 Movie2 Movie3 User1 5 4 User2 2 5 5 User3 3 4 User4 1 5 User5 5 1 5 Dada la matriz anterior, si elimino los valores de NA,...