lme4 y nlme son paquetes R utilizados para ajustar modelos lineales, lineales generalizados y de efectos mixtos no lineales. Para preguntas generales sobre modelos mixtos, utilice la etiqueta [modelo mixto].
Hay mucha discusión en este foro sobre la forma correcta de especificar varios modelos jerárquicos utilizando lmer. Pensé que sería genial tener toda la información en un solo lugar. Un par de preguntas para comenzar: Cómo especificar múltiples niveles, donde un grupo está anidado dentro del...
Así es como he entendido los efectos aleatorios anidados versus cruzados: Los efectos aleatorios anidados ocurren cuando un factor de nivel inferior aparece solo dentro de un nivel particular de un factor de nivel superior. Por ejemplo, alumnos dentro de las clases en un punto fijo en el...
Si estamos ajustando un glmer, podemos recibir una advertencia que nos dice que el modelo está teniendo dificultades para converger ... por ejemplo >Warning message: In checkConv(attr(opt, "derivs"), opt$par, ctrl = control$checkConv, : Model failed to converge with max|grad| = 0.00389462 (tol...
Ajustar una regresión logística usando lme4 termina con Error in mer_finalize(ans) : Downdated X'X is not positive definite. Una causa probable de este error es aparentemente la deficiencia de rango. ¿Qué es la deficiencia de rango y cómo debo
Tengo adaptarse a unos modelos de efectos mixtos (en particular los modelos longitudinales) utilizando lme4en R, pero me gustaría realmente dominar los modelos y el código que va con ellos. Sin embargo, antes de sumergirme con los dos pies (y comprar algunos libros), quiero estar seguro de que...
Yo uso lme4 en R para ajustar el modelo mixto lmer(value~status+(1|experiment))) donde el valor es continuo, el estado y el experimento son factores, y obtengo Linear mixed model fit by REML Formula: value ~ status + (1 | experiment) AIC BIC logLik deviance REMLdev 29.1 46.98 -9.548 5.911...
Recientemente medí cómo se adquiere el significado de una nueva palabra sobre exposiciones repetidas (práctica: del día 1 al día 10) midiendo ERP (EEG) cuando la palabra se veía en diferentes contextos. También controlé las propiedades del contexto, por ejemplo, su utilidad para el descubrimiento...
Me pregunto si hace una diferencia en la interpretación si solo el dependiente, tanto el dependiente como el independiente, o solo las variables independientes se transforman logarítmicamente. Considere el caso de log(DV) = Intercept + B1*IV + Error Puedo interpretar el IV como el porcentaje...
EDIT 2: originalmente pensé que necesitaba ejecutar un ANOVA de dos factores con medidas repetidas en un factor, pero ahora creo que un modelo lineal de efectos mixtos funcionará mejor para mis datos. Creo que casi sé lo que debe suceder, pero todavía estoy confundido por algunos puntos. Los...
Derivar numéricamente los MLE s de GLMM es difícil y, en la práctica, lo sé, no debemos usar la optimización de la fuerza bruta (por ejemplo, usarla optimde una manera simple). Pero para mi propio propósito educativo, quiero probarlo para asegurarme de que entiendo correctamente el modelo (vea el...
Quiero obtener un intervalo de predicción alrededor de una predicción de un modelo lmer (). He encontrado alguna discusión sobre esto: http://rstudio-pubs-static.s3.amazonaws.com/24365_2803ab8299934e888a60e7b16113f619.html http://glmm.wikidot.com/faq pero parecen no tener en cuenta la...
EffectsEl paquete proporciona una manera muy rápida y conveniente de graficar los resultados del modelo de efectos mixtos lineales obtenidos a través delme4 paquete . La effectfunción calcula los intervalos de confianza (IC) muy rápidamente, pero ¿qué tan confiables son estos intervalos de...
Recientemente me di cuenta de que un modelo mixto con solo sujeto como factor aleatorio y los otros factores como factores fijos es equivalente a un ANOVA cuando se establece la estructura correlacional del modelo mixto en simetría compuesta. Por lo tanto, me gustaría saber qué significa la...
Tengo datos recopilados de un experimento organizado de la siguiente manera: Dos sitios, cada uno con 30 árboles. 15 son tratados, 15 son control en cada sitio. De cada árbol, tomamos muestras de tres piezas del tallo y tres piezas de las raíces, por lo que 6 muestras de nivel 1 por árbol, que...
Estoy tratando de entender cuándo usar un efecto aleatorio y cuándo es innecesario. Me han dicho que una regla de oro es si tienes 4 o más grupos / individuos que yo hago (15 alces individuales). Algunos de esos alces fueron experimentados 2 o 3 veces para un total de 29 ensayos. Quiero saber si se...
Quiero ajustar un GLMM multinivel con una distribución de Poisson (con sobredispersión) usando R. En este momento estoy usando lme4 pero noté que recientemente la quasipoissonfamilia fue eliminada. He visto en otras partes que puede modelar la sobredispersión aditiva para distribuciones binomiales...
Me preguntaba si alguien podría iluminarme sobre las diferencias actuales entre estas dos funciones. Encontré la siguiente pregunta: ¿Cómo elegir la biblioteca nlme o lme4 R para modelos de efectos mixtos? , pero eso data de hace un par de años. Eso es toda una vida en los círculos de...
Con suerte, esta es una pregunta que alguien aquí puede responder por mí sobre la naturaleza de la descomposición de sumas de cuadrados a partir de un modelo de efectos mixtos lmer(del paquete lme4 R). En primer lugar, debo decir que soy consciente de la controversia con el uso de este enfoque, y...
Me gustaría obtener un valor p y un tamaño de efecto de una variable categórica independiente (con varios niveles), que es "general" y no para cada nivel por separado, como es la salida normal de lme4R. Es igual que lo que la gente informa cuando ejecuta un ANOVA. ¿Cómo puedo conseguir...
En un modelo multinivel, ¿cuáles son las implicaciones prácticas y relacionadas con la interpretación de estimar los parámetros de correlación de efectos aleatorios versus no estimar? La razón práctica para preguntar esto es que en el marco de Imer en R, no hay un método implementado para estimar...