Preguntas etiquetadas con lme4-nlme

Supongamos que tengo una muestra de frecuencias de 4 eventos posibles: Event1 - 5 E2 - 1 E3 - 0 E4 - 12 y tengo las probabilidades esperadas de que ocurran mis eventos: p1 - 0.2 p2 - 0.1 p3 - 0.1 p4 - 0.6 Con la suma de las frecuencias observadas de mis cuatro eventos (18) puedo calcular las...

Introducción Tengo participantes que están tocando repetidamente superficies contaminadas con E. coli en dos condiciones ( A = usando guantes, B = sin guantes). Quiero saber si hay una diferencia entre la cantidad de bacterias en la punta de los dedos con y sin guantes, pero también entre la...

Estoy ajustando un glmermodelo en el lme4paquete R. Estoy buscando una tabla anova con el valor p que se muestra allí, pero no puedo encontrar ningún paquete que se ajuste a ella. ¿Es posible hacerlo en R? El modelo que estoy ajustando es de la

library(lme4) out <- glmer(cbind(incidence, size - incidence) ~ period + (1 | herd), data = cbpp, family = binomial, contrasts = list(period = "contr.sum")) summary(out) Fixed effects: Estimate Std. Error z value Pr(>|z|) (Intercept) -2.32337 0.22129 -10.499 < 2e-16 *** period1...

Tengo algunos problemas para obtener resultados equivalentes entre un aovmodelo de medidas repetidas entre dentro y un lmermodelo mixto. Mis datos y script se ven de la siguiente manera data=read.csv("https://www.dropbox.com/s/zgle45tpyv5t781/fitness.csv?dl=1") data$id=factor(data$id) data id...

En un modelo mixto lineal generalizado logístico (familia = binomio), no sé cómo interpretar la varianza de los efectos aleatorios: Random effects: Groups Name Variance Std.Dev. HOSPITAL (Intercept) 0.4295 0.6554 Number of obs: 2275, groups: HOSPITAL, 14 ¿Cómo interpreto este resultado...

Estoy simulando ensayos de Bernoulli con un entre grupos y luego el modelo correspondiente con el paquete:logitθ ∼ N( logitθ0 0,12)logitθ∼norte(logitθ0 0,12)\text{logit}\, \theta \sim {\cal N}(\text{logit}\, \theta_0, 1^2)lme4 library(lme4) library(data.table) I <- 30 # number of groups J <-...

Estoy usando lmer en R para verificar el efecto de la condición ( cond) en algún resultado. Aquí están algunos hechos de seguridad de datos, donde s es el identificador de objeto y a, by cson condiciones. library("tidyr") library("dplyr") set.seed(123) temp <- data.frame(s = paste0("S", 1:30),...

Espero que alguien pueda ayudar con lo que creo que es una pregunta relativamente simple, y creo que sé la respuesta, pero sin confirmación se ha convertido en algo de lo que no puedo estar seguro. Tengo algunos datos de conteo como una variable de respuesta y quiero medir cómo cambia esa...

Estoy ajustando un modelo de efectos mixtos con un término de spline en una aplicación donde se sabe que la tendencia a lo largo del tiempo es curvi-lineal. Sin embargo, lo que me gustaría evaluar es si la tendencia curvilínea se produce debido a la desviación individual de la linealidad, o si es...

La ocurrencia no tan infrecuente cuando se trata de modelos mixtos máximos complejos (estimar todos los efectos aleatorios posibles para datos y modelo dados) es perfecta (+1 o -1) o una correlación casi perfecta entre algunos efectos aleatorios. Para el propósito de la discusión, observemos el...

Tengo algunas preguntas con respecto a la especificación e interpretación de GLMM. 3 preguntas son definitivamente estadísticas y 2 son más específicamente sobre R. Estoy publicando aquí porque, en última instancia, creo que el problema es la interpretación de los resultados de GLMM. Actualmente...

Estoy trabajando en un conjunto de datos para evaluar el impacto del secado en las actividades microbianas de sedimentos. El objetivo es determinar si el impacto del secado varía entre los tipos de sedimentos y / o la profundidad dentro del sedimento. El diseño experimental es el siguiente: el...

He leído que la distribución para el estimador de efectos aleatorios en lme4 está muy sesgada y por esta razón no se informan los errores estándar. Me pregunto si alguien puede proporcionar una referencia para esto. Tengo acceso al libro de Bates y Pinherio, pero no de Raudenbush y Bryk. Un...

Supongamos que A es un factor fijo y B es un factor aleatorio. A y B están cruzados. Otro factor aleatorio C está anidado en B. Teniendo en cuenta las interacciones AB y AC, ¿cómo debo ajustar el modelo usando la función lme en el paquete nlme?

Estoy tratando de obtener predicciones para observaciones de un objeto lme. Se supone que esto es bastante sencillo. Sin embargo, dado que recibo diferentes tipos de errores para diferentes ensayos, me parece que me falta algo. Mi modelo es el siguiente: model <- lme(log(child_mortality) ~...

Tengo 2 factores Ay B(5 × 3) y una covariable Xen un diseño dentro de la asignatura. Así es como especifico mi modelo general: lme.out = lme(y~ A*B*X, random=~1|Subject, data=mydata) Mi interpretación es que estoy mirando un gráfico y~x, donde la pendiente cambia debido a la covariable, y la...

Tengo problemas para encontrar una solución con respecto a cómo ejecutar una prueba post-hoc (Tukey HSD) después de un ANOVA de medidas repetidas de 2 factores (ambos dentro de los sujetos) en R. Para el ANOVA, he usado la función aov: summary(aov(dv ~ x1 * x2 + Error(subject/(x1*x2)),...

Tengo un problema con la interpretación de interacciones de 2 y 3 vías en lmer. Mi DV es la altura, que es una variable continua. Todos los IV son variables categóricas. El primer factor es animal, rata o león. El segundo factor es el sexo, ya sea masculino o femenino. El tercer factor es el color:...

Tengo curiosidad acerca de cómo el paquete lmerTest en R, específicamente la función "rand", maneja las pruebas de efectos aleatorios. Considere el ejemplo del pdf lmerTest en CRAN que usa el conjunto de datos "zanahorias" incorporado: #import lme4 package and lmerTest package...