Estoy tratando de usar lme4::glmer() para ajustar un modelo mixto binomial generalizado (GLMM) con una variable dependiente que no es binaria, sino una variable continua entre cero y uno. Uno puede pensar en esta variable como una probabilidad; de hecho, es la probabilidad según lo informado por...
La pregunta de CV Estoy tratando de dar (a) representaciones matemáticas detalladas y concisas de un modelo de efectos mixtos. Estoy usando el lme4paquete en R. ¿Cuál es la representación matemática correcta para mi modelo? Los datos, la pregunta científica y el código R Mi conjunto de datos...
Estoy experimentando con el algoritmo de la máquina de aumento de gradiente a través del caretpaquete en R. Usando un pequeño conjunto de datos de admisión a la universidad, ejecuté el siguiente código: library(caret) ### Load admissions dataset. ### mydata <-
¿Puede alguien decirme cómo hacer que R calcule el punto de ruptura en un modelo lineal por partes (como un parámetro fijo o aleatorio), cuando también necesito estimar otros efectos aleatorios? He incluido un ejemplo de juguete a continuación que se ajusta a una regresión de palo de hockey /...
Tengo un conjunto de datos de medidas repetidas desequilibradas para analizar, y he leído que la forma en que la mayoría de los paquetes estadísticos manejan esto con ANOVA (es decir, la suma de cuadrados del tipo III) es incorrecta. Por lo tanto, me gustaría usar un modelo de efectos mixtos para...
Actualmente estoy revisando algunos trabajos y he encontrado lo siguiente, lo que me parece incorrecto. Se montan dos modelos mixtos (en R) con lmer. Los modelos no están anidados y se comparan mediante pruebas de razón de probabilidad. En resumen, aquí hay un ejemplo reproducible de lo que...
Realicé un experimento donde crié diferentes familias provenientes de dos poblaciones de origen diferentes. A cada familia se le asignó uno de dos tratamientos. Después del experimento medí varios rasgos en cada individuo. Para probar un efecto del tratamiento o la fuente, así como su interacción,...
Supongamos que tengo participantes, cada uno de los cuales da una respuesta 20 veces, 10 en una condición y 10 en otra. Encajo un modelo lineal de efectos mixtos que compara en cada condición. Aquí hay un ejemplo reproducible que simula esta situación usando el paquete en :S
Tengo un conjunto de datos en el que la variable que me gustaría usar como efecto aleatorio solo tiene una observación única para algunos niveles. Según las respuestas a las preguntas anteriores, he deducido que, en principio, esto puede estar bien. ¿Puedo ajustar un modelo mixto con sujetos que...
Tengo una pregunta sobre mi uso de un modelo mixto / lmer. El modelo básico es este: lmer(DV ~ group * condition + (1|pptid), data= df) El grupo y la condición son factores: el grupo tiene dos niveles (grupo A, grupo B) y la condición tiene tres niveles (condición1, condición2, condición3). Son...
Al especificar un modelo de efectos mixtos cruzados, estoy tratando de incluir interacciones. Sin embargo, recibo el siguiente mensaje de error: Error in lme.formula(rate ~ nozzle, random = ~nozzle | operator, data = Flow) : nlminb problem, convergence error code = 1 message = iteration limit...
Supongamos que tengo alguna variable de respuesta yijyijy_{ij} que se midió a partir del hermano jjj en la familia iii . Además, se recopilaron algunos datos de comportamiento xijxijx_{ij} al mismo tiempo de cada sujeto. Estoy tratando de analizar la situación con el siguiente modelo lineal de...
He estado leyendo sobre el cálculo valores de en modelos mixtos y después de leer las preguntas frecuentes de R-sig, otras publicaciones en este foro (vincularía algunas pero no tengo suficiente reputación) y varias otras referencias entiendo que usando valores en el contexto de modelos mixtos son...
Douglas Bates afirma que los siguientes modelos son equivalentes "si la matriz de varianza-covarianza para los efectos aleatorios con valores vectoriales tiene una forma especial, llamada simetría compuesta" ( diapositiva 91 en esta presentación ): m1 <- lmer(y ~ factor + (0 + factor|group),...
Estoy ejecutando un modelo de regresión logística en la forma: lmer(response~1+(1|site), family=binomial, REML = FALSE) Normalmente calcularía el ICC a partir de la intercepción y las variaciones residuales, pero el resumen del modelo no incluye la variación residual. ¿Cómo calculo...
Estoy revisando un documento sobre polinización, donde los datos se distribuyen binomialmente (la fruta madura o no). Así que usé glmercon un efecto aleatorio (planta individual) y un efecto fijo (tratamiento). Un revisor quiere saber si la planta tuvo un efecto en el conjunto de frutos, pero tengo...
Mis datos se describen aquí. ¿Qué puede causar un "error () es un error singular" en aov cuando se ajusta un ANOVA de medidas repetidas? Estoy tratando de ver el efecto de una interacción usando, lmerasí que mi caso base es: my_null.model <- lmer(value ~ Condition+Scenario+...
Tengo el siguiente modelo: > model1<-lmer(aph.remain~sMFS1+sAG1+sSHDI1+sbare+season+crop +(1|landscape),family=poisson) ... y este es el resultado resumido. > summary(model1) Generalized linear mixed model fit by the Laplace approximation Formula: aph.remain ~ sMFS1 + sAG1 + sSHDI1 +...
TL; DR: la lme4optimización parece ser lineal en la cantidad de parámetros del modelo por defecto, y es mucho más lenta que un glmmodelo equivalente con variables ficticias para grupos. ¿Hay algo que pueda hacer para acelerarlo? Estoy tratando de ajustar un modelo logit jerárquico bastante...
Estoy tratando de analizar datos de medidas repetidas y estoy luchando para que funcione R. Mis datos son esencialmente los siguientes, tengo dos grupos de tratamiento. Todos los sujetos de cada grupo se evalúan todos los días y se les asigna una puntuación (el porcentaje correcto en una prueba)....