Prueba de razón de verosimilitud - lmer R - Modelos no anidados

14

Actualmente estoy revisando algunos trabajos y he encontrado lo siguiente, lo que me parece incorrecto. Se montan dos modelos mixtos (en R) con lmer. Los modelos no están anidados y se comparan mediante pruebas de razón de probabilidad. En resumen, aquí hay un ejemplo reproducible de lo que tengo:

set.seed(105)
Resp = rnorm(100)
A = factor(rep(1:5,each=20))
B = factor(rep(1:2,times=50))
C = rep(1:4, times=25)
m1 = lmer(Resp ~ A + (1|C), REML = TRUE)
m2 = lmer(Resp ~ B + (1|C), REML = TRUE)
anova(m1,m2)

Hasta donde puedo ver, lmerse usa para calcular la probabilidad de registro y la anovadeclaración prueba la diferencia entre los modelos usando un chi-cuadrado con los grados habituales de libertad. Esto no me parece correcto. Si es correcto, ¿alguien sabe de alguna referencia que justifique esto? Soy consciente de los métodos basados ​​en simulaciones (Documento de Lewis et al., 2011) y el enfoque desarrollado por Vuong (1989), pero no creo que esto sea lo que se produce aquí. No creo que el uso de la anovadeclaración sea correcto.

r lme4-nlme likelihood-ratio nested-models ameba dice reinstalar Monica
fuente

Respuestas:

8

Esto no es correcto de dos maneras :

  1. La prueba de razón de probabilidad (ordinaria) solo se puede usar para comparar modelos anidados;
  2. No podemos comparar modelos promedio bajo REML. (Este no es el caso aquí, vea los comentarios de @ KarlOveHufthammer a continuación).

En el caso de usar ML, soy consciente de usar AIC o BIC para comparar los modelos no anidados.

Randel
fuente
99
Con respecto al punto 2, la anova()función en R no compara los dos modelos instalados bajo REML; los reajusta usando ML y luego realiza la prueba. Ver lme4:::anova.merMod, que contiene la línea mods <- lapply(mods, refitML). (Pero todavía tiene razón en que anova()no se puede utilizar para comparar los dos modelos, ya que no están anidados).
Karl Ove Hufthammer
2
También tenga en cuenta que hay un cierto desacuerdo sobre la anidación: Brian Ripley dice que la anidación es esencial para la comparación de AIC (ver p. 20 del documento vinculado para la discusión), mientras que Anderson y Burnham (ver p. 2) están en desacuerdo ..
Ben Bolker
2
@BenBolker Otra referencia (ver también esto y esto ) para el uso de AIC con modelos no anidados, siempre que tenga en cuenta todas las constantes de normalización, así como los modelos no patológicos. Sin embargo, en el contexto de LMM, debe usar algunas modificaciones de la AIC.
LessFaceMoreBook
2
Enlace destrozado: creo que stats.ox.ac.uk/~ripley/ModelChoice.pdf debería funcionar.
Ben Bolker
2
@BenBolker Bueno, Brian Ripley es bastante obstinado. Sin embargo, no ha proporcionado un argumento devastador contra el uso de AIC para modelos no anidados :). Perdón por repetir tu enlace.
LessFaceMoreBook