Estoy planeando usar multirredes para calcular algunos valores y vectores propios, y noté que PETSc tiene soporte de alto nivel para multirredes. La documentación de PETSc dice que esta parte de PETSc no debe usarse, ya que se reemplazará pronto. ¿Qué otras bibliotecas tienen soporte de alto nivel...
Nuestro grupo de trabajo produce una aplicación de escritorio que simula el rendimiento energético del edificio. Es una aplicación .NET y cuando el usuario ejecuta muchas simulaciones, puede llevar mucho tiempo. Las simulaciones son totalmente paralelizables, y tenemos algunos recursos informáticos...
Como esta pregunta está relacionada con el cálculo, decidí publicar aquí. Esperemos que se vea como apropiado. Acabo de comenzar a ejecutar modelos atmosféricos y oceánicos, y me doy cuenta de que necesito más núcleos, memoria y espacio en disco que mi escritorio actual. Mi institución tiene un...
Me gustaría saber si hay una manera rápida de calcular la distancia euclidiana de dos vectores en Octave. Parece que no hay una función especial para eso, así que ¿debería usar la fórmula con
Estoy en un campo que no necesariamente hace una gran cantidad de trabajo de HPC, y cuando lo encuentra, a menudo es el resultado de investigadores de otros campos que exploran nuevas aplicaciones para sus métodos y similares. Principalmente, lo que esto significa es que nunca se introduce...
Estoy usando Valgrind + Callgrind para perfilar un solucionador que he escrito. Como dice el manual de usuario de Valgrind, he compilado mi código con las opciones de depuración para el compilador: "Sin información de depuración, las mejores herramientas de Valgrind serán capaces de adivinar a...
Lo que más me disgusta de MPI es tratar con tipos de datos (es decir, mapas / máscaras de datos) porque no encajan muy bien con C ++ orientado a objetos. boost::mpisolo es compatible con MPI 1.1, sin embargo, desde su sitio web: boost :: mpi es una interfaz amigable de C ++ para la interfaz...
Tengo un PETSc Maty me gustaría estimar su número de
Mi grupo de investigación se centra en la dinámica molecular, que obviamente puede generar gigabytes de datos como parte de una sola trayectoria que luego debe analizarse. Varios de los problemas que nos preocupan implican correlaciones en el conjunto de datos, lo que significa que necesitamos...
Dondequiera que haya visto, el tutorial / documentos de PETSc, etc., dicen que es útil para el álgebra lineal y generalmente especifica que los sistemas dispersos se beneficiarán. ¿Qué pasa con las matrices densas? Me preocupa resolver para A densa .A x = bUNX=siAx=bUNUNA He escrito mi propio...
Estaba jugando con PETSc y noté que cuando ejecuto mi programa con más de un proceso a través de MPI , ¡parece funcionar aún más lento ! ¿Cómo puedo verificar para ver qué está
Pregunta: ¿Qué métodos están disponibles para calcular con precisión y eficiencia la estructura de dispersión de una matriz de elementos finitos? Información: estoy trabajando en un solucionador de ecuaciones de presión de Poisson, usando el método de Galerkin con una base cuadrática de Lagrange,...
La función f:x↦(ex−1)/xf:x↦(ex−1)/xf \colon x \mapsto (e^x-1)/x tiene singularidad cerca de x=0x=0x = 0 . Sin embargo, esa singularidad se puede levantar: para x=1x=1x = 1 , uno debería tener f(x)=1f(x)=1f(x) = 1 , ya que y por lo tanto Sin embargo, la formano es solo no definido en, también es...
La conclusión aquí: ¿Cuánto mejor son realmente los compiladores de Fortran? es que gfortran y gcc son tan rápidos para un código simple. Entonces quería probar algo más complicado. Tomé el ejemplo de tiroteo de la norma espectral. Primero precalculo la matriz 2D A (:, :), y luego calculo la...
Por lo general, escribo código de serie, y cuando lo hago, escribo pruebas unitarias con un marco de prueba de estilo xUnit (MATLAB xUnit, PyUnit / nose o el marco de prueba C ++ de Google). Basado en una búsqueda superficial de Google, no he visto mucho sobre cómo los profesionales unen el código...
Los estudios de caso en mi tesis doctoral requieren que tenga extensiones de intervalo de subrutinas Fortran en CHEMKIN-II (disculpas por el enlace; es el mejor que pude encontrar para un paquete que Sandia National Laboratory ya no distribuye). CHEMKIN-II es un paquete químico usado en química de...
Para aplicaciones que requieren recursos computacionales significativos, el alto rendimiento puede ser un factor crítico cuando se trata de entregar resultados científicos o lograr "avances" en un tiempo razonable. ¿Cuánto tiempo y esfuerzo deberían invertir los desarrolladores de software para...
He estado leyendo el libro Computer Simulation of Liquids de Allen y Tildesley. A partir de la página 71, los autores analizan los diversos algoritmos que se utilizan para integrar las ecuaciones de movimiento de Newton en simulaciones de dinámica molecular (DM). A partir de la página 78, los...
He estado usando GSL como base de muchas de mis simulaciones, pero es un poco exagerado para mis propósitos y define su propio tipo complejo por razones heredadas. En lugar de codificar mi propio solucionador ODE Runge-Kutta, que probablemente no sería muy eficiente, ¿hay algún solucionador ODE de...
Necesito resolver el mismo sistema lineal disperso (300x300 a 1000x1000) con muchos lados derechos (300 a 1000). Además de este primer problema, también me gustaría resolver diferentes sistemas, pero con los mismos elementos distintos de cero (solo valores diferentes), es decir, muchos sistemas...