El estudio de la resolución de problemas computacionales mediante la explotación del uso de múltiples procesadores simultáneamente.
Estoy considerando aprender un nuevo lenguaje para usar en proyectos de modelado numérico / simulación, como un reemplazo (parcial) para C ++ y Python que uso actualmente. Me encontré con Julia , que suena un poco perfecta. Si hace todo lo que dice, podría usarlo para reemplazar C ++ y Python en...
Actualmente estoy buscando métodos paralelos para la integración de ODE. Existe una gran cantidad de literatura nueva y antigua que describe una amplia gama de enfoques, pero no he encontrado encuestas recientes ni artículos de descripción general que describan el tema en general. Existe el libro...
Estoy buscando información de cualquiera que haya intentado usar OpenCL en su código científico. ¿Alguien ha intentado (recientemente) ViennaCL ? Si es así, ¿cómo se compara con la cúspide ? ¿Qué pasa con OCLTools ? ¿Cumple con la promesa? Si es así, ¿sería una forma factible de comenzar a...
¿Hay alguna herramienta en Python que sea como el parfor de Matlab? Encontré este hilo , pero tiene cuatro años. Pensé que tal vez alguien aquí podría tener una experiencia más reciente. Aquí hay un ejemplo del tipo de cosas que me gustaría paralelizar: X = np.random.normal(size=(10, 3)) F =...
Esta pregunta se migró de Stack Overflow porque se puede responder en Computational Science Stack Exchange. Migrado hace 7 años . ¿Existen problemas / algoritmos famosos en la informática científica que no puedan acelerarse mediante paralelización? Al leer libros sobre...
¿Cómo se puede resolver numéricamente el problema del cuerpo n gravitatorio en paralelo? ¿Es posible el equilibrio precisión-complejidad? ¿Cómo influye la precisión en la calidad del modelo?
No estoy ejecutando ningún código paralelo en este momento, pero preveo ejecutar código paralelo en el futuro usando un híbrido de OpenMP y MPI. Los depuradores han sido herramientas invaluables para mí al ejecutar proyectos en serie. ¿Alguien puede recomendar un depurador paralelo (o múltiples...
Tengo una aplicación que puede ser paralelamente trivial, pero su rendimiento está en gran medida vinculado a E / S. La aplicación lee una matriz de entrada única almacenada en un archivo que normalmente tiene un tamaño de 2-5 GB (pero espero que este número crezca en el futuro). Un cálculo típico...
¿Quieres mejorar esta publicación? Proporcione respuestas detalladas a esta pregunta, incluidas citas y una explicación de por qué su respuesta es correcta. Las respuestas sin suficiente detalle pueden ser editadas o eliminadas. Refinamiento de malla adaptable (AMR) es...
Mi tesis es sobre el desarrollo de métodos numéricos para la reducción del modelo en la combustión. Ejecuto mis métodos únicamente en la parte química de las simulaciones de combustión, y tengo muchos estudios de casos para simulaciones 0-D (sin flujo). Lo que me gustaría es ejecutar simulaciones...
Gran parte de mi propio trabajo gira en torno a mejorar la escala de los algoritmos, y una de las formas preferidas de mostrar la escala paralela y / o la eficiencia paralela es trazar el rendimiento de un algoritmo / código sobre el número de núcleos, por ejemplo donde el eje representa el...
Una reducción en paralelo supone que la operación correspondiente es asociativa. Esta suposición se viola para la adición de números de punto flotante. Puedes preguntar por qué me importa esto. Bueno, hace que los resultados sean menos reproducibles. Y empeora cuando el recocido simulado se usa...
Perdón por la larga publicación, pero quería incluir todo lo que pensé que era relevante al principio. Lo que quiero Estoy implementando una versión paralela de los métodos de Krylov subespacio para matrices densas. Principalmente GMRES, QMR y CG. Me di cuenta (después del perfil) que mi rutina...
Estoy ejecutando simulaciones de dinámica molecular (MD) usando varios paquetes de software, como Gromacs y DL_POLY. Gromacs ahora admite los algoritmos de descomposición de partículas y de descomposición de dominio. Por defecto, las simulaciones de Gromacs utilizan la descomposición de dominio,...
Estoy optimizando una función de 10-20 variables. La mala noticia es que cada evaluación de la función es costosa, aproximadamente 30 minutos de cálculo en serie. La buena noticia es que tengo un clúster con unas pocas docenas de nodos computacionales a mi disposición. Por lo tanto, la pregunta:...
En la solución numérica de PDE de valor límite inicial, es muy común emplear paralelismo en el espacio . Es mucho menos común emplear alguna forma de paralelismo en la discretización del tiempo , y ese paralelismo suele ser mucho más limitado. Soy consciente de un número creciente de códigos y...
Estoy paralelizando el código para resolver numéricamente un modelo de equilibrio de población de 5 dimensiones. Actualmente tengo un muy buen código paralelo MPICH2 en FORTRAN, pero a medida que aumentamos los valores de los parámetros, las matrices se vuelven demasiado grandes para ejecutarse en...
Por lo general, escribo código de serie, y cuando lo hago, escribo pruebas unitarias con un marco de prueba de estilo xUnit (MATLAB xUnit, PyUnit / nose o el marco de prueba C ++ de Google). Basado en una búsqueda superficial de Google, no he visto mucho sobre cómo los profesionales unen el código...
Tengo una colección de modelos computacionales que podrían describirse como autómatas celulares asíncronos. Estos modelos se parecen al modelo de Ising, pero son un poco más complicados. Parece que tales modelos se beneficiarían de ejecutarse en una GPU en lugar de una CPU. Desafortunadamente, no...
Simultáneamente a mi investigación sobre los métodos del subespacio de Krylov, tengo la opción de explorar las matemáticas detrás de HPC un paso adelante o la teoría de la computación (hardware, sistema operativo, compiladores, etc.). Actualmente, sé tanto suficiente para simplemente sobrevivir....