Preguntas sobre la velocidad de ejecución y el uso de memoria de algoritmos, estructuras de datos, lenguajes y bibliotecas.
Trabajo en ciencias computacionales y, como resultado, paso una cantidad no trivial de mi tiempo tratando de aumentar el rendimiento científico de muchos códigos, así como de comprender la eficiencia de estos códigos. Supongamos que he evaluado el rendimiento en comparación con la legibilidad /...
En mis cursos de análisis numérico, aprendí a analizar la eficiencia de los algoritmos contando el número de operaciones de punto flotante (flops) que requieren, en relación con el tamaño del problema. Por ejemplo, en el texto de Trefethen & Bau sobre Álgebra lineal numérica, incluso hay...
Fortran tiene un lugar especial en la programación numérica. Ciertamente, puede hacer un software bueno y rápido en otros idiomas, pero Fortran sigue funcionando muy bien a pesar de su antigüedad. Además, es más fácil hacer programas rápidos en Fortran. He hecho programas rápidos en C ++, pero...
Estaba comparando algunos de mis códigos con los códigos MATLAB "de inventario". Estoy sorprendido por los resultados. Ejecuté un código de muestra (matriz dispersa) n = 5000; a = diag(rand(n,1)); b = rand(n,1); disp('For a\b'); tic;a\b;toc; disp('For LU'); tic;LULU;toc; disp('For Conj...
ATLAS es un reemplazo gratuito de BLAS / LAPACK que se sintoniza en la máquina cuando se compila. MKL es la biblioteca comercial enviada por Intel. ¿Son comparables estas dos bibliotecas cuando se trata de rendimiento, o MKL tiene la ventaja para algunas tareas? ¿De ser asi,
Antecedentes: creo que podría querer portar algún código que calcule productos de vectores exponenciales de matriz utilizando un método de subespacio Krylov de MATLAB a Python. (Específicamente, la función expmvp de Jitse Niesen , que utiliza un algoritmo descrito en este documento ). Sin embargo,...
Supongamos que estoy trabajando en un código científico en C ++. En una discusión reciente con un colega, se argumentó que las plantillas de expresión podrían ser algo realmente malo, lo que podría hacer que el software sea compilable solo en ciertas versiones de gcc. Supuestamente, este problema...
¿Cuál es el enfoque preferido y eficiente para interpolar datos multidimensionales? Cosas que me preocupan: rendimiento y memoria para la construcción, evaluación individual / por lotes manejo de dimensiones de 1 a 6 lineal o de orden superior capacidad de obtener gradientes (si no...
Comenzaré con mi experiencia personal en nuestro laboratorio. En los últimos 9 y 10 días, solíamos ser bastante agresivos con las optimizaciones, compilando con -O3 e indicadores específicos del procesador (-xW -xSSE4.2 por ejemplo). Pero comenzando con ifort 11, comenzamos a notar: 1. algunas...
¿Existe un método O(n3+n2k)O(n3+n2k)O(n^3+n^2 k) para resolver kkk sistemas lineales de la forma (Di+A)xi=bi(Di+A)xi=bi(D_i + A) x_i = b_i donde AAA es una matriz SPD fija y DiDiD_i son matrices diagonales positivas? Por ejemplo, si cada DiDiD_i es escalar, es suficiente para calcular la SVD de...
¿Cómo se escalan las matrices Python / Numpy con el aumento de las dimensiones de la matriz? Esto se basa en un comportamiento que noté al comparar el código Python para esta pregunta: cómo expresar esta expresión complicada usando cortes numpy El problema consistía principalmente en la...
El lenguaje C ++ proporciona programación genérica y metaprogramación a través de plantillas. Estas técnicas han encontrado su camino en muchos paquetes de computación científica a gran escala (por ejemplo, MPQC , LAMMPS , CGAL , Trilinos ). Pero, ¿qué han contribuido realmente a la informática...
Cuando los cálculos limitados de ancho de banda de memoria se llevan a cabo en entornos de memoria compartida (por ejemplo, roscado a través de OpenMP, Pthreads, o TBB), hay un dilema de cómo garantizar que la memoria se distribuye correctamente a través de física de la memoria, de tal manera que...
Estoy buscando alguna implementación de código abierto (cualquiera de Python, C, C ++, Fortran está bien) de aproximación racional a una función. Algo a lo largo del artículo [1]. Le doy una función y me devuelve dos polinomios, cuya relación es la aproximación en el intervalo dado y el error...
Nuestras simulaciones de dinámica de plasma a menudo producen demasiada información. Durante las simulaciones registramos varias propiedades físicas en una cuadrícula (x, y, z, t) que es tan grande como (8192x1024x1024x1500), para al menos 10 propiedades. Esta información se procesa después de...
Estoy comparando dos métodos iterativos para invertir matrices cuadradas aleatorias. Dado que las matrices son aleatorias, cada caso de prueba toma diferentes cantidades de iteraciones y diferentes tiempos transcurridos. Mi pregunta es, además del tiempo medio de CPU, el valor medio de las...
Sé que ATLAS puede optimizarse para la máquina en la que se compila y, por lo tanto, se obtienen los máximos beneficios compilando desde la fuente. ¿Hay algún beneficio en compilar LAPACK desde la fuente? Sería mucho más fácil instalar el paquete
Pregunta: ¿Qué métodos están disponibles para calcular con precisión y eficiencia la estructura de dispersión de una matriz de elementos finitos? Información: estoy trabajando en un solucionador de ecuaciones de presión de Poisson, usando el método de Galerkin con una base cuadrática de Lagrange,...
Al evaluar el número de FLOP en una función simple, a menudo se puede bajar la expresión que cuenta los operadores aritméticos básicos. Sin embargo, en el caso de enunciados matemáticos que involucran una división pareja, uno no puede hacer esto y esperar poder comparar con los conteos FLOP de...
En este programa de muestra estoy haciendo lo mismo (al menos eso creo) de dos maneras diferentes. Estoy ejecutando esto en mi PC con Linux y monitoreando el uso de memoria con top. Usando gfortran encuentro que en la primera forma (entre "1" y "2") la memoria utilizada es de 8.2GB, mientras que en...