Estoy desarrollando un código más grande para realizar cálculos de valores propios de enormes matrices dispersas, en el contexto de la física computacional. Pruebo mis rutinas contra el oscilador armónico simple en una dimensión, ya que los valores propios son bien conocidos analíticamente. Al...
Mi grupo de investigación se centra en la dinámica molecular, que obviamente puede generar gigabytes de datos como parte de una sola trayectoria que luego debe analizarse. Varios de los problemas que nos preocupan implican correlaciones en el conjunto de datos, lo que significa que necesitamos...
Deseo implementar la siguiente expresión en Python: donde e son matrices numpy de tamaño , y es una matriz numpy de tamaño . El tamaño puede ser de hasta aproximadamente 10000, y la función es parte de un bucle interno que se evaluará muchas veces, por lo que la velocidad es importante.Xyo= ∑j =...
¿Alguien ha usado computación científica de doble precisión con GPU de nueva generación (por ejemplo, K20) a través de Python? Sé que esta tecnología está evolucionando rápidamente, pero ¿cuál es la mejor manera de hacer esto actualmente? GPU está fuera del alcance de las bibliotecas científicas...
Estoy escribiendo un documento reproducible, y el documento tiene resultados computacionales generados por un script de Python (un script MATLAB similar genera resultados casi idénticos). Siento que el papel sería más fácil de entender para los lectores si pudieran hacer coincidir los cálculos en...
He estado usando diferentes métodos para calcular tanto el rango de una matriz como la solución de un sistema matricial de ecuaciones. Encontré la función linalg.svd. Comparando esto con mi propio esfuerzo para resolver el sistema con Gaussian Elimination, parece ser más rápido y más preciso. Estoy...
Tengo problemas para implementar una función numéricamente. Sufre el hecho de que a valores de entrada grandes el resultado es un número muy grande multiplicado por un número muy pequeño. No estoy seguro de si la cancelación catastrófica es el término correcto, así que corríjame si es así....
Estoy experimentando cierta frustración por la forma en que matlab maneja la integración numérica frente a Scipy. Observo las siguientes diferencias en mi código de prueba a continuación: ¡La versión de Matlab funciona en promedio 24 veces más rápido que mi equivalente en Python! La versión de...
Estoy tratando de averiguar si hay una forma más rápida de calcular todos los valores propios y vectores propios de una matriz de adyacencia muy grande y dispersa que usando scipy.sparse.linalg.eigsh Hasta donde sé, este método solo usa la dispersión y atributos de simetría de la matriz. Una matriz...
Soy nuevo en programación y estoy tratando de resolver mi primer gran problema y escribir mi primer gran programa. He buscado ejemplos de código abierto de código para aprender, pero hasta ahora solo he encontrado código en idiomas que no entiendo completamente o que hace cosas relacionadas pero...
Necesito resolver s.t.minx∥Ax−b∥22,∑ixi=1,xi≥0,∀i.minx‖Ax−b‖22,s.t.∑ixi=1,xi≥0,∀i.\begin{alignat}{1} & \min_{x}\|Ax - b\|^2_{2}, \\ \mathrm{s.t.} & \quad\sum_{i}x_{i} = 1, \\ & \quad x_{i} \geq 0, \quad \forall{i}. \end{alignat} Yo creo que es un problema de segundo grado que debe ser...
La esencia de mi pregunta es la siguiente: tengo un sistema de dos EDO. Uno tiene una restricción de valor inicial y el otro tiene una restricción de valor final. Esto puede considerarse como un sistema único con una restricción de valor inicial en algunas variables y una restricción de valor final...
CVXOPT: http://abel.ee.ucla.edu/cvxopt/index.html OpenOpt: http://openopt.org/Welcome ¿Cuál es la relación entre ellos? ¿Cuáles son las ventajas / desventajas de ellos, respectivamente? Por cierto, ¿hay alguna otra biblioteca de optimización convexa de propósito general de alta calidad para...
Estoy tratando de implementar el método Runge-Kutta de cuarto orden para resolver un ODE de primer orden en Python, es decir, . Entiendo cómo funciona el método, pero estoy tratando de escribir un algoritmo eficiente que minimice el número de veces quese calculaf(x,y)ya que esto es bastante...
Leí en alguna parte que Pandas se desarrolló por primera vez para el mundo financiero, al menos no especialmente para las ciencias naturales (física, biología, etc.), entonces, ¿hay algún paquete similar de Python de análisis de datos más "orientado a las ciencias naturales"? Acabo de comenzar a...
Tengo experiencia en la codificación de OpenMP para máquinas de memoria compartida (tanto en C como en FORTRAN) para llevar a cabo tareas simples como la suma de matrices, la multiplicación, etc. (Solo para ver cómo compite con LAPACK). Conozco OpenMP lo suficiente como para llevar a cabo tareas...
¿Hay algún algoritmo para la detección comunitaria de gráficos bipartitos (redes de 2 modos) implementados en igraph, networkX, R o Python, etc.? En particular, ¿existe tal implementación en la cual uno podría restringir la detección de comunidades solo en uno de los dos
¿Cuánto más lento es petsc4py vs c / c ++ / fortran? Me doy cuenta de que dependerá significativamente del código que se ejecute, pero ¿qué pasa con algo simple como un producto de matriz de
Tengo un problema físico regido por la ecuación de Poisson en dos dimensiones Tengo mediciones de los dos componentes de gradiente ∂ u / ∂ x y ∂ u / ∂ y a lo largo de alguna parte del límite, Γ m , por lo que me gustaría imponer ∂ u- ∇2u = f( x , y) ,yo nΩ−∇2u=f(x,y),inΩ -\nabla^2 u = f(x,y),...
Enumere el paquete de Python (petsc4py, etc.) y los pocos solucionadores directos que admite. Una respuesta (community-wiki) por paquete, por