¿Qué prueba para comparar la composición de la comunidad?

Espero que esta pregunta para novatos sea la pregunta correcta para este sitio:

Supongamos que me gustaría comparar la composición de las comunidades ecológicas en dos sitios A, B. Sé que los tres sitios tienen perros, gatos, vacas y pájaros, así que muestro sus abundancias en cada sitio (realmente no tengo un " "abundancia esperada para cada animal en cada sitio).

Si cuento, digamos, cinco de cada animal en cada sitio, entonces A y B son muy "similares" (de hecho, son "iguales").

Pero si encuentro 100 perros, 5 gatos, 2 vacas y 3 pájaros en el sitio A. 5 perros, 3 gatos, 75 vacas y 2 pájaros en el sitio B. Entonces diría que los sitios A y B son "diferentes" , a pesar de que tienen exactamente la misma composición de especies.

(Leí los índices de Sorensen y Bray-Curtis, pero parece que solo consideran la ausencia / presencia de los perros, gatos, etc., y no sus abundancias).

¿Hay alguna prueba estadística para determinar esto?

Estaré de acuerdo con lo que se ha mencionado que Bray-Curtis puede manejar la abundancia, así como la presencia / ausencia, también para agregar otro buen libro a la mezcla: Análisis de comunidades ecológicas por McCune y Grace.

Hay muchos factores a considerar al comparar comunidades ecológicas y no creo que haya una sola prueba que haga el trabajo. La idoneidad de la prueba dependerá mucho del tipo de pregunta que haga sobre las comunidades y la naturaleza de su conjunto de datos. Los enfoques comunes incluyen técnicas de ordenación, que agrupan sitios dentro de un espacio taxon multidimensional. Sin embargo, si realmente solo tiene 2 sitios, es probable que esto no funcione. Las pruebas de Mantel correlacionan una matriz de distancia basada en la composición (por ejemplo, la distancia de Bray-Curtis por pares en todos los sitios) con una matriz de distancia basada en otros factores de influencia potenciales. El caso más simple puede ser solo la distancia euclidiana entre los sitios en el espacio. El análisis de conglomerados agrupa los sitios con respecto a la composición de su comunidad.

En general, adoptaría el enfoque de utilizar un subconjunto de las muchas herramientas estadísticas descritas en cualquiera de los libros anteriores para proporcionar una descripción estadística de las diferencias entre las comunidades en cuestión. No existe una medida única de la diferencia en la composición de la comunidad, por lo que las estadísticas se utilizan para sintetizar datos multidimensionales en una forma más fácil de interpretar.

EDITAR: También pensé en este documento que presenta muchas de las diferentes opciones de manera bastante clara y exhaustiva.

Anderson, MJ y col. 2011. Navegando por los múltiples significados de la diversidad Beta: una hoja de ruta para el ecólogo practicante. Ecology Letters 14: 19-28

Si desea probar esta hipótesis, puede usar un Análisis de similitud (basado en Bray Curtis u otros disponibles), hay un procedimiento llamado ANOSIM que se implementa en el software PRIMER. Puede hacer análisis unidireccional, anidado o bidireccional. Otra (mejor) opción es ejecutar un análisis permutacional múltiple de variaciones, un buen procedimiento está disponible en la rutina PERMANOVA (disponible en http://www.stat.auckland.ac.nz/~mja/Programs.htm ) Una vez que haga una prueba de diferencias significativas entre sitios, puede hacer un seguimiento para saber qué especies son responsables de las diferencias observadas (rutina IndVal o rutina SIMPER). Espero eso ayude

Como menciona el índice de Sorensen, parece que necesita un puntaje de disimilitud en lugar de una prueba de disimilitud. (Una puntuación dará un valor numérico que indica qué tan diferentes son. Una prueba le dirá si la diferencia es significativa con una probabilidad dada).

Puede representar la abundancia de especies en cada ubicación mediante un histograma. Este histograma se puede normalizar si solo le importa la abundancia relativa (por ejemplo, que los gatos son dos veces más abundantes que los perros), o no normalizado si también le importan los números absolutos.

Hay muchas formas de medir la disimilitud de los histogramas. Algunos de los populares son:

• Estadística chi-cuadrado
• Distancia L2
• Distancia de intersección del histograma

Bray-Curtis y otros índices similares incorporan diferencias en la abundancia de especies. Además de Legendre y Legendre, también recomendaría el libro de Charles Krebs, Ecological Methology (1999).