¿Cómo funciona la normalización cuantil?

En los estudios de expresión génica que utilizan microarrays, los datos de intensidad deben normalizarse para poder comparar las intensidades entre individuos, entre genes. Conceptualmente y algorítmicamente, ¿cómo funciona la "normalización de cuantiles" y cómo se lo explicaría a un no estadístico?

genetics normalization microarray Stephen Turner
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Simple: es "calificar en una curva". :-) Doy un algoritmo en quantdec.com/envstats/notes/class_03/probability.htm ("Lectura de gráficos QQ").

Whuber

Este PDF explica la normalización cuantil con un ejemplo simple y trabajado: plexdb.org/modules/documentation/RMAexplained.pdf El documento explica un proceso más grande (RMA) pero la normalización cuantil se realiza como uno de los pasos.

JHubbard80

Respuestas:

Una comparación de los métodos de normalización para datos de matriz de oligonucleótidos de alta densidad basada en la varianza y el sesgo de Bolstad et al. introduce la normalización cuantil para los datos de la matriz y la compara con otros métodos. Tiene una descripción bastante clara del algoritmo.

$j$ $\hat{F}^{-1} \circ \hat{G}_j$ $\hat{G}_j$ $\hat{F}^{-1}$ $\hat{G}_j$ $j$ $\hat{F}$

Al final del día, es un método para transformar todas las matrices para que tengan una distribución común de intensidades.

NRH
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