Tienes razón, con el uso de un trípode robusto, las imágenes deben estar todas alineadas de forma predeterminada, pero no todos los trípodes son estables, algunas cámaras no disparan automáticamente, por lo que se solicita que presiones el botón del obturador constantemente, lo que provoca temblores y hay la posibilidad de que el fotógrafo no tenga un trípode, para esto se requiere la alineación. En mi caso, grabé HDR antes de tener un trípode y este fue un paso necesario para mí.
Solo uso Photomatix para generar HDR y allí puede omitir la fase de alineación, si esa es su pregunta aquí.
Al final, este paso es solo para asegurarse de que todas las fotos estén configuradas en la posición correcta antes de ir al mapeo de tonos.
En otro escenario, aunque es posible que la cámara no se mueva, los objetos en la escena sí pueden y esto permite la posibilidad de mantener lo que desea alinear para mantenerlo así.