Como ya se mencionó, este es un error con la empatía (o al menos con algunos de los protocolos de conexión utilizados en la empatía).
Hay una solución para el protocolo MSN:
Empathy puede usar los mismos protocolos de conexión que utiliza pidgin (libpurple) a través de telepathy-haze, que se instala de manera predeterminada.
Para que MSN funcione, desinstale telepathy-butterfly:
sudo apt-get remove telepathy-butterfly
Luego reinicie Empathy, que ahora recurrirá al uso de telepathy-haze para las conexiones de MSN. Ahora debería poder configurar "usar el método http" en "Editar -> Cuentas" después de agregar una nueva cuenta para MSN.
Puede haber soluciones similares para otros protocolos. Para mí, todo lo demás funciona fuera de la caja (al menos detrás del proxy en el trabajo).