¿Qué prueba estadística se debe usar para evaluar el enriquecimiento de las listas de genes?

He realizado un experimento para probar la sensibilidad celular a un determinado agente de daño del ADN. Hemos encontrado 270 genes que eran específicamente sensibles al medicamento y el número total de genes analizados fue de 3668. 38 de los 270 genes sensibles se clasifican como "genes de reparación de ADN". Si el número de "genes de reparación de ADN" contenidos en el genoma es 112 y el número total de genes en el genoma es 3668, ¿son los genes sensibles enriquecimiento en genes de reparación de ADN? ¿Qué prueba estadística debe usarse? Le agradecería que también me dijera alguna herramienta para calcular el valor p en línea.

La práctica estándar para evaluar el enriquecimiento de las listas de genes es hacer una prueba hipergeométrica o, de manera equivalente, una prueba exacta de Fisher unilateral . Tiene la siguiente tabla de contingencia :$2\times2$

Puede realizar la prueba de la Rsiguiente manera:

fisher.test(matrix(c(38,74,232,3324),nrow=2,ncol=2),alternative="greater")

Lo que da un resultado muy significativo:

Fisher's Exact Test for Count Data

data:  matrix(c(38, 74, 232, 3324), nrow = 2, ncol = 2) 
p-value < 2.2e-16
alternative hypothesis: true odds ratio is greater than 1 
95 percent confidence interval:
5.062107      Inf 
sample estimates:
odds ratio 
7.34918

Tenga en cuenta que, como estamos probando la representación excesiva (en lugar de la representación insuficiente), el alternativeparámetro se establece en "greater".