Complejidad de las simulaciones MD

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Soy nuevo en las simulaciones de dinámica molecular (MD). ¿Cuál es la complejidad de una simulación de dinámica molecular en términos de tiempo de simulación? En otras palabras, si quiero aumentar el tiempo simulado de 10 nanosegundos a 20 nanosegundos, ¿qué puedo esperar en términos del aumento del tiempo de ejecución?

molecular-dynamics complexity Daniel Standage
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Respuestas:

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Las simulaciones de dinámica molecular son lineales ( O(n)) en el período de tiempo simulado (suponiendo que los pasos de tiempo únicos ( ) no cambien). Dado que cada paso de tiempo depende solo de la configuración anterior (y no de ninguna de las anteriores), aumentar el número de pasos de tiempo da como resultado un aumento lineal en el tiempo.Δt

Brian Diggs
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Además, la complejidad en términos de tamaño de sistema simulado generalmente se escala con O (n ^ 2) cuando no se utiliza electrostática modificada como PME.
Keith Callenberg el
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@KeithCallenberg Eso es cierto; No lo mencioné ya que la pregunta no hacía eso. Podría ser más completo decir que se escala según O(n^2)O(t)dónde nestá el tamaño (número de partículas) y tes el número de pasos de tiempo (tiempo simulado dividido por el tamaño de cada paso de tiempo).
Brian Diggs el
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Es un poco más complicado que eso, ¿no? Debería ser O (N ^ 2) si está estudiando sistemas sin cortes; O (N log N) si está haciendo sistemas sin carga con un punto de corte o sistemas cargados con enfoques basados ​​en malla.
aeismail