Utilice el proyecto de instalación de Visual Studio. El proyecto de instalación puede incluir automáticamente la configuración de .NET Framework en su paquete de instalación:
Aquí está mi aplicación paso a paso para formularios de Windows:
Crear proyecto de instalación. Puede utilizar el Asistente de configuración.

Seleccione el tipo de proyecto.

Seleccionar salida.

Presiona Finalizar.
Abra las propiedades del proyecto de instalación.

Elija incluir .NET framework.

Construir proyecto de instalación
Verificar salida

Nota: Los proyectos del instalador de Visual Studio ya no están preempaquetados con Visual Studio. Sin embargo, en Visual Studio 2013 puede descargarlos usando:
Tools > Extensions and Updates > Online (search) > Visual Studio Installer Projects