Sí tu puedes. Las partes de autenticación y autorización funcionan de forma independiente. Si tiene su propio servicio de autenticación, puede usar la parte de autorización de OWIN. Considere que ya tiene un UserManagerque valida usernamey password. Por lo tanto, puede escribir el siguiente código en su acción de inicio de sesión posterior a la devolución:
[HttpPost]
public ActionResult Login(string username, string password)
{
    if (new UserManager().IsValid(username, password))
    {
        var ident = new ClaimsIdentity(
          new[] { 
              
              new Claim(ClaimTypes.NameIdentifier, username),
              new Claim("http://schemas.microsoft.com/accesscontrolservice/2010/07/claims/identityprovider", "ASP.NET Identity", "http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string"),
              new Claim(ClaimTypes.Name,username),
              
              new Claim(ClaimTypes.Role, "RoleName"),
              new Claim(ClaimTypes.Role, "AnotherRole"),
          },
          DefaultAuthenticationTypes.ApplicationCookie);
        HttpContext.GetOwinContext().Authentication.SignIn(
           new AuthenticationProperties { IsPersistent = false }, ident);
        return RedirectToAction("MyAction"); 
    }
    
    ModelState.AddModelError("", "invalid username or password");
    return View();
}
Y su administrador de usuarios puede ser algo como esto:
class UserManager
{
    public bool IsValid(string username, string password)
    {
         using(var db=new MyDbContext()) 
         {
             
             
             return db.Users.Any(u=>u.Username==username 
                 && u.Password==password); 
         }
    }
}
Al final, puede proteger sus acciones o controladores agregando un Authorizeatributo.
[Authorize]
public ActionResult MySecretAction()
{
    
    
    
}
[Authorize(Roles="Admin")]
public ActionResult MySecretAction()
{
    
} 
     
                
Logincódigo?... new Claim("http://schemas.microsoft.com/accesscontrolservice/2010/07/claims/identityprovider", "ASP.NET Identity", "http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string")¡Comprobé que el código funciona bien sin él!