Para estar seguro, y suponiendo que el ancho de banda / espacio de almacenamiento no sea un gran problema, recomendaría hacer una copia de seguridad de todo . Se podría argumentar que no siempre lo necesita todo, pero a menos que hacerlo le cause un gran inconveniente, probablemente valdrá la pena tener la seguridad adicional de saber que todo es recuperable. Hay archivos fuera de su directorio de usuarios que incluso un usuario casual podría encontrar importantes. Muchas configuraciones / preferencias, archivos de soporte de aplicaciones, etc. se almacenan en un nivel superior al de su directorio de usuario.
Dicho esto, las carpetas fuera de su directorio de usuarios probablemente no necesiten una copia de seguridad con tanta frecuencia como las que están dentro de él, por lo que probablemente podría salirse bien haciendo copias de seguridad de las carpetas del sistema, por ejemplo, una vez por semana, mientras su usuario El directorio debe ser respaldado diariamente.