¿Cómo git rastrea los cambios, por qué se confunde? Porque lo hago

Tengo un repositorio git en una carpeta de Dropbox, compartido entre una máquina Linux y una máquina Windows. Intento sincronizar solo en la máquina Windows, porque soy consciente de los "problemas" que pueden surgir. Sin embargo, ocasionalmente hago una pequeña confirmación en el cuadro de Linux...