Estoy usando la adonis()
función en el vegan
paquete para determinar 1) si las especies hospedantes concurrentes varían en su comunidad microbiana en múltiples sitios, y 2) si los sitios son diferentes. He examinado todas las publicaciones sobre CV y SO, y no hay una respuesta clara sobre cómo determinar la importancia de múltiples factores utilizando la función adonis.
Primero hice esto, como lo sugiere /programming/26768779/vegan-adonis-unbalanced-design-ss-type-ii-or-iii :
donde jacc es una matriz de disimilitud utilizando la métrica de jaccard
adonis <- adonis(jacc ~ Species + Site, data = df_compare)
adonis
Call:
adonis(formula = jacc ~ Species + Site, data = df_compare)
Permutation: free
Number of permutations: 999
Terms added sequentially (first to last)
Df SumsOfSqs MeanSqs F.Model R2 Pr(>F)
Species 2 0.6055 0.30273 1.7690 0.04981 0.004 **
Site 4 2.1378 0.53445 3.1231 0.17587 0.001 ***
Residuals 55 9.4122 0.17113 0.77432
Total 61 12.1554 1.00000
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
Luego invierta el orden:
adonis_2 <- adonis(jacc ~ Site + Species, data = df_compare)
adonis_2
Call:
adonis(formula = jacc ~ Site + Species, data = df_compare)
Permutation: free
Number of permutations: 999
Terms added sequentially (first to last)
Df SumsOfSqs MeanSqs F.Model R2 Pr(>F)
Site 4 2.4385 0.60962 3.5623 0.20061 0.001 ***
Species 2 0.3048 0.15238 0.8904 0.02507 0.716
Residuals 55 9.4122 0.17113 0.77432
Total 61 12.1554 1.00000
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
Pero no sé cómo interpretar eso, porque el orden importa, y no estoy realmente seguro de si hay diferencias entre las especies.
Después de algunas búsquedas, decidí usar estratos.
Creo que esto dice: las especies concurrentes son diferentes cuando solo se comparan especies en los mismos sitios.
species_adonis <- adonis(jacc ~ Species, strata = df_compare$Site, data = df_compare)
species_adonis
Call:
adonis(formula = jacc ~ Species, data = df_compare, strata = df_compare$Site)
Blocks: strata
Permutation: free
Number of permutations: 999
Terms added sequentially (first to last)
Df SumsOfSqs MeanSqs F.Model R2 Pr(>F)
Species 2 0.6055 0.30273 1.5464 0.04981 0.335
Residuals 59 11.5500 0.19576 0.95019
Total 61 12.1554 1.00000
Luego, para hacer la pregunta sobre el sitio, utilicé especies en el bloqueo.
Creo que esto dice: son sitios diferentes cuando solo se compara la misma especie
site_adonis <- adonis(jacc ~ Site, strata = df_compare$Species, data = df_compare)
Call:
adonis(formula = jacc ~ Site, data = df_compare, strata = df_compare$Species)
Blocks: strata
Permutation: free
Number of permutations: 999
Terms added sequentially (first to last)
Df SumsOfSqs MeanSqs F.Model R2 Pr(>F)
Site 4 2.4385 0.60962 3.5761 0.20061 0.001 ***
Residuals 57 9.7169 0.17047 0.79939
Total 61 12.1554 1.00000
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
Mi conclusión es que la comunidad microbiana en una especie dada difiere entre los sitios, pero que la comunidad microbiana no difiere entre las especies huésped.
¿Es correcto mi enfoque o estoy malinterpretando el uso de estratos (es decir, bloqueo)?
¿O hay alguna manera de promediar de alguna manera las pruebas cuando cambié el orden de las variables?
fuente