Escribir al principio de un archivo algo que solo sabes al final

Antecedentes: estoy escribiendo el código C del microcontrolador para escribir un archivo EBML. EBML es como un XML binario con elementos anidados, pero en lugar de etiquetas de inicio y fin, hay una ID de inicio, longitud y luego los datos. Estoy escribiendo esto en Flash externo en una aplicación...