¿Cómo arreglar la advertencia: "RPMDB alterado fuera de yum"?

Tengo un sistema RHEL 6, que administro principalmente a través de RHN Satellite. Recientemente programé algunas actualizaciones a través de Satellite y recibí una respuesta de que las actualizaciones habían fallado. Entré en el sistema para investigar y vi esta advertencia al ejecutar...