¿Cómo detectar un proceso oculto en Linux?

Tenemos una caja que sospechamos que ha sido rooteada en el trabajo. La pregunta es ¿cómo lo encontramos? No soy administrador del sistema, pero me llevaron al equipo para resolver la situación y tengo curiosidad por saber dónde pueden encontrarse buenos lugares, como un problema. La razón por la...