¿Puedo tener 1 núcleo de procesador solo para mi programa?

Tengo que cronometrar la diferencia horaria entre alta -> baja y baja -> borde de señal alta en los pines GPIO. He escrito un programa simple que hace esto. Después de ejecutarlo durante algún tiempo, estuve bastante contento con el resultado (variaciones de 0,01 s). Pero de vez en cuando...