¿Cómo gestiona el código base subyacente para una API versionada?

He estado leyendo sobre las estrategias de control de versiones para las API de ReST, y algo que ninguno de ellos parece abordar es cómo administra el código base subyacente. Digamos que estamos haciendo un montón de cambios importantes en una API, por ejemplo, cambiando nuestro recurso Cliente...