¿Cómo debo tratar con la advertencia "paquete 'xxx' no está disponible (para la versión R xyz)"?

Traté de instalar un paquete, usando

install.packages("foobarbaz")

pero recibió la advertencia

Warning message:
package 'foobarbaz' is not available (for R version x.y.z)

¿Por qué R no piensa que el paquete está disponible?

Consulte también estas preguntas que se refieren a casos específicos de este problema:

Mi paquete no funciona para R 2.15.2
paquete 'Rbbg' no está disponible (para R versión 2.15.2)
paquete no está disponible (para R versión 2.15.2)
paquete doMC NO disponible para R versión 3.0.0 advertencia en install.packages
Dependencia 'Rglpk' no está disponible para el paquete 'fPortfolio'
¿Qué hacer cuando un paquete no está disponible para nuestra versión R?
¿El paquete bigvis para R no está disponible para R versión 3.0.1?
el paquete 'syncwave' / 'mvcwt' no está disponible (para R versión 3.0.2) el
paquete 'diamantes' no está disponible (para R versión 3.0.0)
¿El paquete plyr para R no está disponible para R versión 3.0.2?
El paquete bigmemory no se instala en R 64 3.0.2 El
paquete "makeR" no está disponible (para la versión 3.0.2)
el paquete 'RTN' no está disponible (para R versión 3.0.1)
Problemas para instalar el paquete de
paquete geoR 'twitterR' no está disponible (para R versión 3.1.0)
¿Cómo instalar 'Rcpp, paquete? Obtuve "paquete no está disponible"
paquete 'conjunto de datos' no está disponible (para R versión 3.1.1)
"paquete 'rhipe' no está disponible (para R versión 3.1.2)"

1. No puedes deletrear

Lo primero que debe probar es ¿ ha escrito correctamente el nombre del paquete? Los nombres de los paquetes distinguen entre mayúsculas y minúsculas en R.

2. No buscaste en el repositorio correcto

A continuación, debe verificar si el paquete está disponible. Tipo

setRepositories()

Ver también ? SetRepositories .

Para ver qué repositorios R buscará su paquete, y opcionalmente seleccione algunos adicionales. Como mínimo, generalmente querrá CRANser seleccionado, y CRAN (extras)si usa Windows, y los Bioc*repositorios si hace alguno[gen / prote / metabol / transcript] ómicas análisis biológicos

Para cambiar esto permanentemente, agregue una línea como setRepositories(ind = c(1:6, 8))a su Rprofile.sitearchivo.

3. El paquete no está en los repositorios que seleccionó

Devuelva todos los paquetes disponibles usando

ap <- available.packages()

Ver también los nombres de los paquetes disponibles de R , ? Available.packages .

Como se trata de una matriz grande, es posible que desee utilizar el visor de datos para examinarla. Alternativamente, puede verificar rápidamente para ver si el paquete está disponible probando con los nombres de las filas.

View(ap)
"foobarbaz" %in% rownames(ap)

Alternativamente, la lista de paquetes disponibles se puede ver en un navegador para CRAN , CRAN (extras) , Bioconductor , R-forge , RForge y github .

Otro posible mensaje de advertencia que puede recibir al interactuar con los espejos CRAN es:

Warning: unable to access index for repository

Lo que puede indicar que el repositorio CRAN seleccionado no está disponible actualmente. Puede seleccionar un espejo diferente con chooseCRANmirror()e intentar la instalación nuevamente.

Hay varias razones por las cuales un paquete puede no estar disponible.

4. No quieres un paquete

Quizás realmente no quieras un paquete. Es común confundirse acerca de la diferencia entre un paquete y una biblioteca , o un paquete y un conjunto de datos.

Un paquete es una colección estandarizada de material que se extiende R, por ejemplo, proporciona código, datos o documentación. Una biblioteca es un lugar (directorio) donde R sabe encontrar paquetes que puede usar

Para ver los conjuntos de datos disponibles, escriba

data()

5. R o Bioconductor está desactualizado

Puede depender de una versión más reciente de R (o de uno de los paquetes que importa / depende). Mirar

ap["foobarbaz", "Depends"]

y considere actualizar su instalación de R a la versión actual. En Windows, esto se hace más fácilmente a través del installrpaquete.

library(installr)
updateR()

(Por supuesto, es posible que install.packages("installr")primero necesite ).

De manera equivalente para los paquetes de Bioconductor, es posible que deba actualizar su instalación de Bioconductor.

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("BiocUpgrade")

6. El paquete está desactualizado

Puede haber sido archivado (si ya no se mantiene y ya no pasa las R CMD checkpruebas).

En este caso, puede cargar una versión anterior del paquete usando install_version()

library(remotes)
install_version("foobarbaz", "0.1.2")

Una alternativa es instalar desde el espejo github CRAN.

library(remotes)
install_github("cran/foobarbaz")

7. No hay binario de Windows / OS X / Linux

Es posible que no tenga un binario de Windows debido a que requiere un software adicional que CRAN no tiene. Además, algunos paquetes están disponibles solo a través de las fuentes para algunas o todas las plataformas. En este caso, puede haber una versión en el CRAN (extras)repositorio (ver setRepositoriesarriba).

Si el paquete requiere un código de compilación (por ejemplo, C, C ++, FORTRAN), en Windows instale Rtools o en OS X instale las herramientas de desarrollador que acompañan a XCode e instale la versión de origen del paquete a través de:

install.packages("foobarbaz", type = "source")

# Or equivalently, for Bioconductor packages:
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("foobarbaz", type = "source")

En CRAN, puede saber si necesitará herramientas especiales para construir el paquete desde el origen mirando el NeedsCompilationindicador en la descripción.

8. El paquete está en github / Bitbucket / Gitorious

Puede tener un repositorio en Github / Bitbucket / Gitorious. Estos paquetes requieren que el remotespaquete se instale.

library(remotes)
install_github("packageauthor/foobarbaz")
install_bitbucket("packageauthor/foobarbaz")
install_gitorious("packageauthor/foobarbaz")

(Al igual que installr, es posible que install.packages("remotes")primero deba hacerlo ).

9. No hay una versión fuente del paquete

Aunque la versión binaria de su paquete está disponible, la versión fuente no lo está. Puede desactivar esta verificación configurando

options(install.packages.check.source = "no")

como se describe en esta respuesta SO de imanuelc y la sección Detalles de ?install.packages.

10. El paquete está en un repositorio no estándar

Su paquete está en un repositorio no estándar (por ejemplo Rbbg). Suponiendo que cumple razonablemente con los estándares CRAN, aún puede descargarlo usando install.packages; solo tiene que especificar la URL del repositorio.

install.packages("Rbbg", repos = "http://r.findata.org")

RHIPEpor otro lado no está en un repositorio tipo CRAN y tiene sus propias instrucciones de instalación .

En la última R (3.2.3) hay un error que impide que algunas veces encuentre el paquete correcto. La solución es establecer el repositorio manualmente:

install.packages("lubridate", dependencies=TRUE, repos='http://cran.rstudio.com/')

Solución encontrada en otra pregunta

Parece haber un problema con algunas versiones de Ry libcurl. He tenido el mismo problema Mac (R version 3.2.2)y, Ubuntu (R version 3.0.2)y en ambos casos, se resolvió simplemente ejecutando esto antes del install.packagescomando

options(download.file.method = "wget")

La solución fue sugerida por un amigo, sin embargo, no pude encontrarla en ninguno de los foros, por lo tanto, envié esta respuesta a otros.

Esta solución puede romper R, pero aquí hay una solución más fácil que funciona el 99% del tiempo.

Lo que debes hacer es solo:

install.packages('package-name',repos='http://cran.us.r-project.org')

Como mencionó el autor aquí

11. R (u otra dependencia) está desactualizado y no desea actualizarlo.

Advertencia, esta no es exactamente la mejor práctica.

• Descargue la fuente del paquete.
• Navega hasta el DESCRIPTIONarchivo.

• Elimine la línea ofensiva con su editor de texto, por ejemplo

  Depends: R (>= 3.1.1)

• Instalar desde local (es decir, desde el directorio principal de DESCRIPTION) por ejemplo

  install.packages("foo", type="source", repos=NULL)

Algo que me sucedió es que la versión de R proporcionada por mi distribución de Linux (R versión 3.0.2 proporcionada por Ubuntu 14.04) era demasiado antigua para la última versión del paquete disponible en CRAN (en mi caso, la plyrversión 1.8.3 a partir de hoy). La solución fue utilizar el sistema de empaquetado de mi distribución en lugar de intentar instalar desde R ( apt-get install r-cran-plyrobtuve la versión 1.8.1 de plyr). Tal vez podría haber intentado actualizar R usando updateR(), pero me temo que hacerlo interferiría con el administrador de paquetes de mi distribución.

Esto me ahorró mucho tiempo depurando lo que está mal. En muchos casos son solo espejos desactualizados. Esta función puede instalar múltiples paquetes con sus dependencias usando https://cran.rstudio.com/:

packages <- function(pkg){
    new.pkg <- pkg[!(pkg %in% installed.packages()[, "Package"])]
    if (length(new.pkg))
        install.packages(new.pkg, dependencies = TRUE, repos='https://cran.rstudio.com/')
    sapply(pkg, require, character.only = TRUE)
}

packages(c("foo", "bar", "baz"))

Esto es lo que finalmente pude hacer para instalar el paquete psicológico en R-3.4.1 cuando recibí la misma advertencia

1: busqué en Google ese paquete.

2: lo descargué manualmente con la extensión tar.gz

3: Elija la opción "Archivo de archivo de paquete (.zip; .tar.gz)" para instalar paquetes en R

4: navegué localmente hasta el lugar donde se descargó y se hizo clic en instalar

Puede recibir una advertencia: las dependencias 'xyz' no están disponibles para el paquete, luego instale las del repositorio y luego realice los pasos 3-4.

He arreglado este error en Ubuntu siguiendo cuidadosamente las instrucciones para instalar R . Esto incluyó:

1. agregando deb http://cran.utstat.utoronto.ca/bin/linux/ubuntu trusty/a mi /etc/apt/sources.list archivo
2. Corriendo sudo apt-get update
3. Corriendo sudo apt-get install r-base-dev

Para el paso 1, si lo desea, puede elegir cualquier espejo de descarga CRAN en lugar de mi Universidad de Toronto.

Cometí el error de olvidar ponerlo repos=NULLal instalar el paquete R desde el código fuente. En este caso, el mensaje de error es ligeramente engañoso:package 'foobarbaz' is not available (for R version x.y.z)

El problema no era la versión de R, era el reposparámetro. Hice lo install.packages('path/to/source/code/of/foobarbaz', type='source', repos=NULL)que funcionó para mí en esta ocasión.

Espero que esto ayude a alguien.

Tuve el mismo problema (en Linux) que podría resolverse cambiando la configuración del proxy. Si está detrás de un servidor proxy, verifique la configuración utilizando Sys.getenv("http_proxy")R. En mi ~/.Renviron, tuve las siguientes líneas (de https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/200488488-Configuring-R-to-Use -un-HTTP-or-HTTPS-Proxy ) que causa el problema:

http_proxy=https://proxy.dom.com:port
http_proxy_user=user:passwd

Cambiándolo a

http_proxy="http://user:[email protected]:port"

resuelve el problema. Puedes hacer lo mismo para https.

No fue lo primero que pensé cuando leí "el paquete xxx no está disponible para r versión-xyz" ...

HTH

Otra razón + solución

Me encuentro con este error ("el paquete XXX no está disponible para la versión R XXX") cuando intento instalar pkgdown en mi RStudio en el HPC de mi empresa.

Resulta que la instantánea de CRAN que tienen en el HPC es de enero de 2018 (casi 2 años) y, de hecho, pkgdown no existía en ese momento. Eso estaba destinado a controlar el origen de los paquetes para usuarios legos, pero como desarrollador, en la mayoría de los casos, puede cambiar eso de la siguiente manera:

## checking the specific repos you currently have
getOption("repos")

## updating your CRAN snapshot to a newer date
r <- getOption("repos")
r["newCRAN"] <- "https://cran.microsoft.com/snapshot/*2019-11-07*/"
options(repos = r)

## add newCRAN to repos you can use
setRepositories()

Si sabe lo que está haciendo y puede necesitar más de un paquete que podría no estar disponible en el CRAN de su sistema, puede configurarlo en su proyecto .Rprofile .

Si es solo un paquete, tal vez solo use install.packages("package name", repos = "a newer CRAN than your company's archaic CRAN snapshot").

1. Visite https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/ .
2. Encuentra el paquete que deseas instalar con Ctrl+F
3. Haga clic en el nombre del paquete
4. Determine qué versión desea instalar
5. Abrir RStudio
6. Escriba " install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/[NAME OF PACKAGE]/[VERSION NUMBER].tar.gz", repos = NULL, type="source")"

En algunos casos, debe instalar varios paquetes por adelantado para usar el paquete que desea usar.

Por ejemplo, necesitaba instalar paquetes 7 ( Sejong, hash, rJava, tau, RSQLite, devtools, stringr) para instalar KoNLPel paquete.

install.packages('Sejong')
install.packages('hash')
install.packages('rJava')
install.packages('tau')
install.packages('RSQLite')
install.packages('devtools')
install.packages('stringr')

library(Sejong)
library(hash)
library(rJava)
library(tau)
library(RSQLite)
library(devtools)
library(stringr)

install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/KoNLP/KoNLP_0.80.2.tar.gz", repos = NULL, type="source")
library(KoNLP)

Casi siempre funciona para mí cuando uso bioconductor como fuente y luego invoco biocLite. Ejemplo:

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("preprocessCore")

Otra adición menor, al intentar probar una versión R antigua usando la imagen acoplable rocker/r-ver:3.1.0

1. La reposconfiguración predeterminada es MRANy esto no puede obtener muchos paquetes.
2. Esa versión de R no tiene https, así, por ejemplo: install.packages("knitr", repos = "https://cran.rstudio.com")parece funcionar.

Descubrí que una ligera variación en el paquete # 6 está desactualizada debido a la excelente solución de @Richie Cotton.

A veces, el mantenedor del paquete puede mostrar brechas en la versión R que no admite. En ese caso, tiene al menos dos opciones: 1) actualizar su versión R a la siguiente que el paquete de destino ya admite, 2) instalar la versión más reciente de las más antiguas disponibles que funcionaría con su versión R.

Un ejemplo concreto: la última versión CRAN del paquete rattlepara minería de datos, 5.3.0, no es compatible con la versión R 3.4 porque tenía una gran actualización entre las versiones 5.2.0 (R> = 2.13.0) y 5.3.0 (R > = 3.5).

En un caso como este, la alternativa a la actualización de la instalación de R es la solución ya mencionada. Instale el paquete devtoolssi no lo tiene (incluye el paquete remotes) y luego instale la versión específica que funcionará en su R. actual. Puede buscar esa información en la página de CRAN para los archivos de paquetes específicos.

library("devtools")
install_version("rattle", version = "5.2.0", repos = "http://cran.us.r-project.org")

En mi caso, la solución fue simplemente actualizar R.

Como se mencionó aquí (en francés), esto puede suceder cuando tiene dos versiones de R instaladas en su computadora. Desinstale el más antiguo, luego intente la instalación del paquete nuevamente. Funcionó bien para mí.