Ejecutar script R desde la línea de comando

Tengo un archivo, llamado a.r, tiene un chmod755,

sayHello <- function(){
   print('hello')
}

sayHello()

¿Cómo puedo ejecutar esto a través de la línea de comandos?

Si desea que la salida se imprima en el terminal, es mejor usar Rscript

Rscript a.R

Tenga en cuenta que al usar R CMD BATCH a.Reso en lugar de redirigir la salida a la salida estándar y mostrar en la terminal, se creará un nuevo archivo llamado a.Rout.

R CMD BATCH a.R
# Check the output
cat a.Rout

Otra cosa a tener en cuenta sobre el uso de Rscript es que no carga el methodspaquete de forma predeterminada, lo que puede causar confusión. Entonces, si confía en cualquier cosa que proporcionen los métodos, querrá cargarlo explícitamente en su secuencia de comandos.

Si realmente desea utilizar la ./a.Rforma de llamar al script, puede agregar un apropiado #!a la parte superior del script

#!/usr/bin/env Rscript
sayHello <- function(){
   print('hello')
}

sayHello()

También notaré que si está ejecutando en un sistema * unix, existe el útil paquete littler que proporciona una tubería de línea de comando fácil a R. ¿Puede ser necesario usar littler para ejecutar aplicaciones brillantes a través de un script? Se pueden encontrar más detalles en esta pregunta .

Esto no responde la pregunta directamente. Pero alguien puede terminar aquí porque quiere ejecutar una línea de R desde la terminal. Por ejemplo, si solo desea instalar algunos paquetes faltantes y salir, este oneliner puede ser muy conveniente. Lo uso mucho cuando de repente descubro que me faltan algunos paquetes y quiero instalarlos donde quiero.

• Para instalar en la ubicación predeterminada:

  R -e 'install.packages(c("package1", "package2"))'

• Para instalar en una ubicación que requiere rootprivilegios:

  R -e 'install.packages(c("package1", "package2"), lib="/usr/local/lib/R/site-library")' 

Una forma más de ejecutar un script R desde la línea de comando sería:

R < scriptName.R --no-save  

o con --save.

Consulte también ¿Cuál es la mejor manera de usar scripts R en la línea de comandos (terminal)? .

Necesita el ?Rscriptcomando para ejecutar un script R desde la terminal.

Echa un vistazo a http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/utils/html/Rscript.html

Ejemplo

## example #! script for a Unix-alike

#! /path/to/Rscript --vanilla --default-packages=utils
args <- commandArgs(TRUE)
res <- try(install.packages(args))
if(inherits(res, "try-error")) q(status=1) else q()

Cómo ejecutar Rmd en comando con knitr y rmarkdown mediante múltiples comandos y luego subir un archivo HTML a RPubs

Aquí hay un ejemplo: cargue dos bibliotecas y ejecute un comando R

R -e 'library("rmarkdown");library("knitr");rmarkdown::render("NormalDevconJuly.Rmd")'

R -e 'library("markdown");rpubsUpload("normalDev","NormalDevconJuly.html")'

Otra forma de usar Rscript para sistemas * Unix es la sustitución de procesos .

Rscript <(zcat a.r)
# [1] "hello"

Lo que obviamente hace lo mismo que la respuesta aceptada, pero esto le permite manipular y ejecutar su archivo sin guardar el poder de la línea de comando, por ejemplo:

Rscript <(sed s/hello/bye/ a.r)
# [1] "bye"

Similar a Rscript -e "Rcode"esto también permite ejecutar sin guardar en un archivo. Por lo tanto, podría usarse junto con scripts que generan código R, por ejemplo:

Rscript <(echo "head(iris,2)")
# Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
# 1          5.1         3.5          1.4         0.2  setosa
# 2          4.9         3.0          1.4         0.2  setosa

Solo para documentación, a veces necesitas ejecutar el script como sudo:

sudo Rscript path/to/your/file.R