Instalar SciPy y NumPy usando pip

Estoy tratando de crear las bibliotecas necesarias en un paquete que estoy distribuyendo. Requiere las bibliotecas SciPy y NumPy . Durante el desarrollo, instalé ambos usando

apt-get install scipy

que instaló SciPy 0.9.0 y NumPy 1.5.1, y funcionó bien.

Me gustaría hacer lo mismo usando pip install- para poder especificar dependencias en un setup.py de mi propio paquete.

El problema es que cuando intento:

pip install 'numpy==1.5.1'

funciona bien.

Pero entonces

pip install 'scipy==0.9.0'

falla miserablemente, con

raise self.notfounderror(self.notfounderror.__doc__)

numpy.distutils.system_info.BlasNotFoundError:

Blas (http://www.netlib.org/blas/) libraries not found.

Directories to search for the libraries can be specified in the

numpy/distutils/site.cfg file (section [blas]) or by setting

the BLAS environment variable.

¿Cómo hago para que funcione?

Asumo experiencia de Linux en mi respuesta; Encontré que hay tres requisitos previos pip install scipypara proceder bien.

Vaya aquí: Instalando SciPY

Siga las instrucciones para descargar, compilar y exportar la variable env para BLAS y luego LAPACK . Tenga cuidado de no solo cortar y pegar ciegamente los comandos de shell: habrá algunas líneas que deberá seleccionar según su arquitectura, etc., y deberá corregir / agregar los directorios correctos que asume incorrectamente como bien.

La tercera cosa que puede necesitar es instalar numpy-f2py o su equivalente.

Ah, sí y, por último, es posible que necesite instalar gcc-gfortran ya que las bibliotecas anteriores son fuente de Fortran .

Esto funcionó para mí en Ubuntu 14.04:

sudo apt-get install libblas-dev liblapack-dev libatlas-base-dev gfortran
pip install scipy

necesita los paquetes de desarrollo libblas y liblapack si está usando Ubuntu.

aptitude install libblas-dev liblapack-dev
pip install scipy

Dado que las instrucciones anteriores para instalar con yum están rotas aquí están las instrucciones actualizadas para instalar en algo como fedora. He probado esto en "Amazon Linux AMI 2016.03"

sudo yum install atlas-devel lapack-devel blas-devel libgfortran
pip install scipy

Estaba trabajando en un proyecto que dependía de numpy y scipy. En una instalación limpia de Fedora 23, usando un entorno virtual de Python para Python 3.4 (también funcionó para Python 2.7), y con lo siguiente en mi setup.py (en el setup()método)

setup_requires=[
    'numpy',
],
install_requires=[
    'numpy',
    'scipy',
],

Descubrí que tenía que ejecutar lo siguiente para ir pip install -e .a trabajar:

pip install --upgrade pip

y

sudo dnf install atlas-devel gcc-{c++,gfortran} subversion redhat-rpm-config

El redhat-rpm-configes para uso de scipy redhat-hardened-cc1en lugar de regularcc1

En Windows python 3.5 , logré instalar scipyusando conda no pip :

conda install scipy

¿Qué sistema operativo es este? La respuesta puede depender del sistema operativo involucrado. Sin embargo, parece que necesita encontrar esta biblioteca BLAS e instalarla. No parece estar en PIP (así que tendrá que hacerlo a mano), pero si lo instala, debería permitirle avanzar en su instalación de SciPy.

en mi caso, la mejora de pip hizo el truco. Además, he instalado scipy con el parámetro -U (actualice todos los paquetes a la última versión disponible)