¿Usa software de código abierto para fusionar grandes archivos de forma?

Algunos antecedentes: tengo 2 archivos de forma poligonal con aproximadamente 500,000 registros cada uno. Los dos archivos son idénticos en términos de estructura de campo. Con ArcGIS 10.0, no puedo combinar estos dos archivos con Geoprocesamiento / Fusionar. ArcMap siempre se bloquea en algún...