La mayoría de las personas recomendaría almacenar sus datos en una base de datos por razones de rendimiento, es decir, consultas y búsquedas rápidas. Sin embargo, creo que también existe el beneficio de la moneda cuando los datos están en una base de datos. Por ejemplo, si pasa un archivo de forma a un colega, es probable que lo usen indefinidamente, pero los datos pueden haberse actualizado. Donde, como si los datos se almacenaran en una base de datos y el usuario se conectara a esa base de datos utilizando ArcGIS, siempre verían los datos más actualizados y actualizados.
Entonces, las principales ventajas de una base de datos son la indexación de consulta de rendimiento (aunque puede indexar en un FileGDB y MDB o incluso tener un índice de shapefile, sin embargo, he descubierto que puede proporcionar más RAM a una base de datos al indexar, así que lo puse como un profesional a la base de datos) Las funciones espaciales se ejecutan más rápido en una base de datos Si tiene texto o direcciones, puede realizar la búsqueda de texto completo
Contras Conocimiento: afecta tanto al servidor dedicado propietario como al de código abierto en producciones Costos: configuración y ejecución
FileGDB / MDB Pros Plug and Play portátil (casi tan simple como shapefiles) Se puede comprimir para reducir el tamaño
Contras Puede tomar mucho tiempo crear (mi experiencia personal) para muchos datos Restricción de ESRI (ish) Límites de archivos de usuarios concurrentes
MDB es una geodatabase respaldada por acceso de microsoft que termina teniendo un límite de archivo de 2 Gb, por lo que si tiene más datos o desea proporcionar más acceso a otros usos, use un FileGDB.
Se pueden ver más diferencias aquí http://webhelp.esri.com/arcgisdesktop/9.2/index.cfm?TopicName=Types_of_geodatabases
Espero que te dé alguna idea