¿Borrar banderas de interrupción USART (UART) en un STM32?

Estoy usando un STM32F105 para comunicarme con un chip GPS Linx usando un UART. Si no uso interrupciones (si solo sondeo el indicador RX), entonces funciona bien. Pero obtengo resultados inesperados cuando trato de usar interrupciones. Por ejemplo, si solo habilito el uso de la interrupción RXNE...