Se maneja de manera diferente porque son dos motores web diferentes que impulsan los dos.
Cuando usas Safari, estás usando el nuevo motor de Javascript acelerado por Nitro similar al WKWebView, puedes usarlo en tus propias aplicaciones.
Sin embargo, cuando agrega la aplicación a la pantalla de inicio y la abre en pantalla completa, el motor de Javascript acelerado por Nitro no la activará, y se ejecutará en lo que es esencialmente el mismo que UIWebView, que también puede usar en tus propias aplicaciones.
Anteriormente, Apple solo permitía que aplicaciones de terceros utilizaran UIWebView, y no el nuevo motor acelerado por Nitro. La razón por la cual los enlaces de la pantalla de inicio están sujetos a esta restricción es probablemente un resto de esa política.
Sin embargo, el razonamiento detrás de por qué Apple elige hacerlo de esta manera es imposible de decir.