No veo nada que diga que las aplicaciones comerciales no están permitidas, pero tampoco veo nada que diga que están permitidas.
¿Alguien puede encontrar algo definitivo?
Las pautas completas están aquí: http://code.google.com/appengine/program_policies.html
Por lo que leí, puedes usar App Engine con fines comerciales. Por lo que leí, Google te permite usarlo gratis para probar lo que puede hacer. El límite de uso específico es
Una aplicación en una cuenta gratuita puede usar hasta 500 MB de almacenamiento y hasta 5 millones de visitas al mes
encontrado en http://code.google.com/appengine/docs/whatisgoogleappengine.html .
Básicamente, es gratuito para cualquier uso que se considere legal dentro de sus políticas (sin spam, pornografía, etc.) hasta el límite. Una vez que vaya más allá, tendrá que pagar por su uso.