¿Cómo puedo eliminar automáticamente las pausas de un video?

Tengo docenas de archivos de video que contienen escenas de movimiento intercaladas con períodos de 5-10 segundos sin que suceda nada (muchos cuadros idénticos seguidos). No hay pista de audio y me gustaría quitar los fotogramas idénticos para eliminar esas pausas y mantener solo el movimiento.

¿Existe una herramienta (preferiblemente gratuita) para lograr esto?

Esto se puede lograr con el mpdecimatefiltro en el programa gratuito ffmpeg:

ffmpeg -i "in.mp4" -vf "mpdecimate" "out.mp4"