¿Cómo contar el número de caracteres en una línea, excepto un carácter específico?

Este es un archivo parcial

N W N N N N N N N N N
N C N N N N N N N N N
N A N N N N N N N N N
N N N N N N N N N N N
N G N N N N N N N N N
N C N N N C N N N N N
N C C N N N N N N N N

En cada línea quiero contar el número total de todos los caracteres que no son "N"

mi deseo de salida

1
1
1
0
1
2
2

Solución GNU awk :

awk -v FPAT='[^N[:space:]]' '{ print NF }' file

• FPAT='[^N[:space:]]'- el patrón que define un valor de campo (cualquier carácter excepto caracteres Ny espacios en blanco)

El resultado esperado:

1
1
1
0
1
2
2

awk '{ gsub("[ N]",""); print length() }'

suponiendo que se necesita un recuento para cada línea que no sea el carácter de espacio y N

$ perl -lne 'print tr/N //c' ip.txt 
1
1
1
0
1
2
2

• el valor de retorno de tres cuántos caracteres fueron reemplazados
• c para complementar el conjunto de caracteres dados
• Tenga en cuenta el uso de la -lopción, elimina el carácter de nueva línea de la línea de entrada para evitar un error fuera de uno y también agrega el carácter de nueva línea para la instrucción de impresión

Una solución más genérica

perl -lane 'print scalar grep {$_ ne "N"} @F' ip.txt 

• -aopción para dividir automáticamente la línea de entrada en espacios en blanco, guardada en una @Fmatriz
• grep {$_ ne "N"} @Fdevuelve una matriz de todos los elementos en los @Fque no coincide con la cadenaN
  • equivalente regex sería grep {!/^N$/} @F
• el uso de scalardará un número de elementos de la matriz

Solución alternativa awk :

awk '{ print gsub(/[^N[:space:]]/,"") }' file

• gsub(...)- La gsub()función devuelve el número de sustituciones realizadas.

La salida:

1
1
1
0
1
2
2

Otro awkenfoque (devolverá -1 para líneas vacías).

awk -F'[^N ]' '$0=NF-1""' infile

O en complejo, devolverá -1 en líneas vacías, 0 en líneas de espacios en blanco (tabulaciones / espacios) solamente.

awk -F'[^N \t]+' '$0=NF-1""' infile

1. try script de shell POSIX :

   tr -d 'N ' < file | while read x ; do echo ${#x} ; done
   

2. bash` ksh` y zsh:

   while read x ; do x="${x//[ N]}" ; echo ${#x} ; done < file
   

Una breve combinación de try awk:

$ tr -d ' N' <file.in | awk '{ print length }'
1
1
1
0
1
2
2

Esto elimina todos los espacios y N del archivo de entrada y awksolo imprime la longitud de cada línea.

Otra forma fácil es hacerlo en Python, que viene preinstalado en la mayoría de los entornos Unix. Coloque el siguiente código en un archivo .py:

with open('geno') as f:
    for line in f:
        count = 0
        for word in line.split():
            if word != 'N':
                count += 1
        print(count)

Y luego hacer:

python file.py

Desde tu terminal. Lo que hace lo anterior es:

• para cada línea en un archivo llamado "geno"
• pon un contador a 0 e increméntalo cada vez que encontremos un valor! = 'N'
• Cuando se alcanza el final de la línea actual, imprima el contador y pase a la línea siguiente.