Extracción de archivos .gz contenidos en una carpeta

Tengo una carpeta que contiene aproximadamente 320116 archivos .pdb.gz. Quiero descomprimirlos a todos. Si uso gunzip * .gz me da un error, es decir, la lista de argumentos es demasiado larga. La carpeta es de aproximadamente 2 GB. Por favor dame una sugerencia apropiada.

find . -name '*.pdb.gz' -exec gunzip {} +

-exec gunzip {} +proporcionará gunzipmuchos pero no demasiados nombres de archivo en su línea de comando. Esto es más eficiente que el -exec gunzip {} \;que inicia un nuevo gunzipproceso para todos y cada uno de los archivos.

Siempre que obtenga errores de "lista de argumentos demasiado larga", puede solucionarlo invocando el comando deseado varias veces, cada vez con un subconjunto de los argumentos que desea usar. xargses una herramienta que te ayuda a hacerlo automáticamente.

find . -type f -a -name \*.pdb.gz -print0 | xargs -0 gunzip

Creo que esto debería funcionar, pasa la ruta / nombre de cada archivo individualmente a gunzip para su procesamiento:

find /my/dir -name "*.pdb.gz" -execdir gunzip "{}" \;

Intenta de esta manera:

find . -name '*.gz' -exec gunzip {} \;

Si tiene una máquina multinúcleo, probablemente verá que el uso gunzipno va a maximizar las capacidades de su máquina. Para eso necesitarías ejecutar múltiples gunzips en paralelo. Hacer un seguimiento de qué se hace en qué terminal a mano es engorroso, pero puede hacerlo fácilmente con GNU paralelo:

find . -name "*.gz" | parallel -X gunzip {}

No es necesario usarlo findpara esto, ya que no mencionó subcarpetas. Lo que debes hacer es:

for f in *.gz;do gunzip $f;done