Tuve el mismo problema con la nueva instalación de 17.10 al abrir una nueva ventana de Nautilus usando el atajo CTRL + N. Evito ese mensaje creando un acceso directo adicional para Nautilus:
- Vaya a la configuración del teclado, debería ver la lista de atajos de teclado.
- Haga clic en el botón "+" en la parte inferior de esa lista para crear un nuevo acceso directo.
Cree un nuevo acceso directo que llene los parámetros solicitados:
Name = Open nautilus (or any other name you want)
Command = nautilus (like when you open nautilus from terminal)
Shortcut = Press the "Set Shortcut..." button and press **CTRL+M** (or any other combination you want).
Después de configurar el nuevo acceso directo para CTRL + M, cierre la configuración del teclado y el nuevo acceso directo abrirá nautilus sin el error "x-nautilus-desktop: ///" apuntando a su carpeta de inicio.
Espero que esto ayude.
EDITAR (ADVERTENCIA): la solución descrita ayuda a evitar el error mencionado, pero no a resolver el error en sí. Si intenta sobrescribir el acceso directo CTRL + N, se sobrescribirá el acceso directo para cualquier otra aplicación. Esto es, por ejemplo, después de que la sobrescritura CTRL + N en Google Chrome abra una nueva ventana de Nautilus y no una nueva ventana de Chrome. En mi caso, configuré una nueva ventana de Nautilus en CTRL + M. Esto no resuelve el error "x-nautilus-desktop: ///" en sí mismo, pero es una solución alternativa. Si configura un nuevo acceso directo para la nueva ventana de Nautilus como CTRL + M, si usa CTRL + N, aún recibirá el error mencionado.
INFORMACIÓN ADICIONAL :
Puede configurar el comando param para abrir nautilus en cualquier directorio que desee, por ejemplo: Command = nautilus ~/Downloads
abrirá nautilus en el directorio de Descargas cuando se utiliza CTRL + M acceso directo.
ERROR INFORMADO:
https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/nautilus/+bug/1710931