Dado que mencionó RJ11, esto probablemente significa que tiene un módem estándar en su computadora, esto generalmente significa que necesita un softphone que a veces se llama una aplicación de telefonía que usa el módem para aceptar e iniciar llamadas usando PSTN.
Si puede encontrar alguna aplicación para Ubuntu que pueda instalar y ejecutar correctamente, lo que pida puede funcionar, no sé de ninguna aplicación que pueda señalarle, y si tiene suerte de encontrar algo, probablemente será muy antiguo.
Lo que está sucediendo hoy en día es que los softphones basados en VOIP como Skype y Ekiga se han enfocado, estos teléfonos usan métodos basados en paquetes para comunicarse, lo que significa que usan su conexión a Internet para enviar y recibir paquetes en lugar de una red conmutada.
Cuando dice que todo funciona bien, supongo que se refiere al módem también, en resumen: si no tiene una aplicación de telefonía que utiliza PSTN o su módem no funciona con Ubuntu, entonces no.