¿Cuál es el comando para eliminar todos los archivos pero no los directorios?

Digamos que tengo un árbol de directorios como este:

FOLDER:
    file1
    file2
    file3
    Subfolder1:
        file1
        file2
    Subfolder2:
        file1
        file2

Si lo usara rm -r FOLDER/*, todo en FOLDER se eliminaría, incluidos los subdirectorios. ¿Cómo puedo eliminar todos los archivos en FOLDER y en sus subdirectorios sin eliminar directorios reales?

Lo que intenta hacer es la eliminación recursiva. Para eso necesitas una herramienta recursiva, como find.

find FOLDER -type f -delete

Con bash:

shopt -s globstar  ## Enables recursive globbing
for f in FOLDER/**/*; do [[ -f $f ]] && echo rm -- "$f"; done

Aquí iterando sobre los nombres de archivo expandidos globalmente y eliminando solo archivos.

Lo anterior es en seco, si está satisfecho con los cambios que se realizarán, elimine echopara la eliminación real:

for f in FOLDER/**/*; do [[ -f $f ]] && rm -- "$f"; done

Finalmente, desarmar globstar:

shopt -u globstar

Con zsh, aprovechando el calificador global:

echo -- FOLDER/**/*(.)

(.) es el calificador glob, que limita las expansiones glob a solo archivos regulares.

Lo anterior solo imprimirá los nombres de los archivos, para su eliminación real:

rm -- FOLDER/**/*(.)

Si su versión de findno es compatible -delete, puede usar lo siguiente para eliminar cada archivo en el directorio actual y debajo.

find . ! -type d -exec rm '{}' \;