A menudo veo usuarios que intentan solucionar un problema y en algún lugar leen o simplemente intentan recursivamente chownsu directorio de inicio y, a veces, incluso restablecen los permisos de forma recursiva a algo similar rwxr-xr-xo similar.

Imagine una masacre de propietarios / permisos de este tipo: ¿existen archivos / directorios críticos que necesiten permisos especiales o que sean propiedad de la raíz para que el sistema funcione?

Ningún archivo ~debe ser propiedad de root.

Si un software requiere que un archivo en su directorio personal sea propiedad de otro usuario, es un error y debe informarse como tal.

Aparte de eso, un caso común involucra dos programas relacionados con la seguridad que requieren permisos restringidos en ciertos archivos, a saber:

1. SSH
2. GPG

SSH

Ver man sshsección FILES:

 ~/.ssh/config
     This is the per-user configuration file.  The file format and
     configuration options are described in ssh_config(5).  Because of
     the potential for abuse, this file must have strict permissions:
     read/write for the user, and not writable by others.  It may be
     group-writable provided that the group in question contains only
     the user.

 ~/.ssh/identity
 ~/.ssh/id_dsa
 ~/.ssh/id_ecdsa
 ~/.ssh/id_ed25519
 ~/.ssh/id_rsa
     Contains the private key for authentication.  These files contain
     sensitive data and should be readable by the user but not acces‐
     sible by others (read/write/execute).  ssh will simply ignore a
     private key file if it is accessible by others.  It is possible
     to specify a passphrase when generating the key which will be
     used to encrypt the sensitive part of this file using 3DES.

Otros archivos como authorized_keys, known_hostsetc. deben ser editables solo por el usuario, pero pueden ser legibles en todo el mundo.

GnuPG

~/.gnupg(y los contenidos) solo deben ser accesibles para usted. Con otros permisos, GPG se quejará de los permisos inseguros.

En general, los archivos y el directorio de su hogar deben ser de su propiedad.
Tengo algunos archivos extraños propiedad de root que probablemente son el resultado de ejecutar sudocomandos; de hecho, hay programas que escriben cosas debajo $HOME(que los programas que se comportan bien y que requieren privilegios de superusuario no deberían hacerlo; el efecto es que la raíz se apropia de los archivos que deberían pertenecer al usuario).
Normalmente, eliminarlos o volver a poseerlos (según el archivo) no crea problemas y, a menudo, resuelve algunos, como el infame .Xauthorityarchivo --- y, a veces, después de ejecutarlos sudo dconf-editor, tiene cosas en configuraciones que ya no puede modificar.

Sobre modos especiales:

• los scripts deben ser ejecutables, por supuesto, al menos para el propietario;
• también deben ser directorios (donde xsignifica derecho a cruzar);
• .sshdebe ser drwx------(0700) y las claves privadas que -rw-------contiene (0600)
• si tiene un Publicdirectorio para compartir, probablemente debería ser drwxr-xr-x(permiso de lectura para cualquier persona) o drwxrwxrwt(con permiso de escritura y un bit fijo, para habilitar la escritura).

... No puedo pensar en nada más que necesite un tratamiento especial.