En Ubuntu 14.04, la barra de título de mi aplicación se encuentra debajo de la barra de título principal de Unity.
En la imagen a continuación, la ventana seleccionada es de Download Manager, pero su barra de título está oculta debajo de la barra de título superior de unity.
Encuentro que este problema ocurre con aplicaciones web y aplicaciones independientes.
Idealmente debería verse así:
Esto me parece un error sutil que parece ocurrir al azar en mi caso. Para solucionarlo, cambiar el tamaño de la ventana desde su borde inferior soluciona el problema.
Coloque el cursor en la parte inferior de la ventana de la aplicación para cambiarlo al modo de cambio de tamaño; y luego simplemente arrastre el mouse al borde inferior de la pantalla. Eso haría que la barra de título sea visible una vez más.
La captura de pantalla es cuando se usa Ubuntu GNOME, pero así es como se vería el cursor en el caso de Unity.