De los ejemplos que ha proporcionado, supongo que se refiere a los datos de la aplicación específicos para la configuración, el uso de un determinado usuario o los datos que posee el usuario (por ejemplo, mensajes de correo, plantillas, temas). En este caso, estos datos se almacenan en el directorio de inicio del usuario como "archivos de puntos" o dentro de un "directorio de puntos" específico de la aplicación.
Citando del estándar de jerarquía del sistema de archivos Unix :
/ home: directorios de inicio de usuario (opcional)
Propósito
/ home es un concepto bastante estándar, pero es claramente un sistema de archivos específico del sitio. La configuración diferirá de un host a otro. Por lo tanto, ningún programa debe confiar en esta ubicación.
Requisitos
Los archivos de configuración específicos del usuario para las aplicaciones se almacenan en el directorio de inicio del usuario en un archivo que comienza con '.' carácter (un "archivo de puntos"). Si una aplicación necesita crear más de un archivo de puntos, debe ubicarse en un subdirectorio con un nombre que comience con un '.' carácter, (un "directorio de puntos"). En este caso, los archivos de configuración no deberían comenzar con '.' personaje.
El estándar de jerarquía del sistema de archivos de Linux también establece casi lo mismo.
Por ejemplo, la configuración del usuario para el editor vim se almacena en .vimrc dentro del directorio de inicio, el perfil de firefox (que contiene, entre otras cosas, los marcadores de los usuarios y la información del historial) se almacena en un directorio separado dentro del directorio de inicio del usuario (~ / .mozilla / firefox / <randomstring>
.default)
Por lo general, todas las aplicaciones almacenarán información sobre sesiones iniciadas por el usuario, contraseñas, etc. dentro del directorio de inicio del usuario en tales "archivos / directorios de puntos".
Entonces (extrapolando un poco), si desea la encriptación suficiente para que los datos específicos del usuario estén protegidos, entonces la encriptación del directorio principal sería suficiente.
Dicho esto, es posible, como con todo lo relacionado con Linux, personalizar y anular la ubicación predeterminada y elegir almacenar estos datos de usuario específicos de la aplicación en otro lugar. Sin embargo, en Ubuntu, eso debe ser hecho explícitamente por el usuario.