Su script actual usa solo un valor decimal, esto obviamente se traduce en el valor sin ceros a la izquierda.
Tendría que rellenar la cadena a la longitud de 4 caracteres, con ceros a la izquierda. Para ello, utilice las teclas ``
de retroceso para obtener el resultado de la llamada printf printf %04d $j
.
Como resultado, debe tener el comando completo:
for i in *.jpg; do let j+=1; mkdir `printf %04d $j`; done
Fuente: StackOverflow: bash - Relleno de ceros en una cadena
(Obviamente, también vea las respuestas adicionales a esa pregunta, si desea una solución más profunda, pero esto definitivamente funciona perfectamente para este caso de uso).