Todo depende de su preferencia personal. El SDK de Android funciona bien en Ubuntu (lo uso todos los días) e independiente del IDE que elija usar.
Personalmente uso IntellJ IDEA. La edición comunitaria tiene soporte para Android y es gratuita. Eclipse es la herramienta predeterminada y también es gratuita y funciona bien también.
También conozco a muchas personas que usan otros editores como vim, komodoedit y otros. Sin embargo, sugeriría usar una de las dos primeras sugerencias.
En términos de compilación de la aplicación, debe considerar usar la compilación predeterminada con Apache Ant o también podría compilarla, por ejemplo, con Apache Maven y el complemento Maven para Android. En cualquier caso, encuentre una herramienta de compilación que sea independiente del IDE que utilice y, potencialmente, incluso use un servidor de integración continua.