¿Cómo instalar rgdal en Ubuntu 12.10?

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Estoy luchando por instalar la rgdalbiblioteca en Ubuntu 12.10.

La instalación desde dentro de R produce un error:

Error: no se encontró gdal-config No se pudo encontrar el script gdal-config distribuido con GDAL. Si no ha instalado las bibliotecas GDAL, puede descargar la fuente desde http://www.gdal.org/ Si ha instalado las bibliotecas GDAL, asegúrese de que gdal-config esté en su ruta. Intente escribir gdal-config en el indicador de comandos de shell y vea si se ejecuta. Si no, use: --configure-args = '- with-gdal-config = / usr / local / bin / gdal-config' con los valores apropiados para su instalación.

ERROR: error de configuración para el paquete 'rgdal' * eliminación '/home/rdk/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.15/rgdal' Advertencia en install.packages: la instalación del paquete 'rgdal' tuvo una salida distinta de cero estado

R-sig-Geo , estas dos preguntas SE y otros sitios web me señalaron los requisitos de libgdal1-dev.

Pero cuando lo intenté

sudo apt-get install libgdal1-dev

Termino con otro mensaje de error

Algunos paquetes no se pudieron instalar. Esto puede significar que ha solicitado una situación imposible o, si está utilizando la distribución inestable, algunos paquetes requeridos aún no se han creado o se han eliminado de Incoming. La siguiente información puede ayudar a resolver la situación:

Los siguientes paquetes tienen dependencias insatisfechas: libgdal1-dev: Depende: libgdal-dev pero no se instalará E: Incapaz de corregir problemas, ha retenido paquetes rotos.

Nuevamente, cuando intento instalar libgdal-devotro error de dependencias aparece

Los siguientes paquetes tienen dependencias insatisfechas: libgdal-dev: Depende: libgeos-dev pero no se instalará Depende: libspatialite-dev pero no se instalará

Intentar nuevamente libgeos-devda mensaje:

Depends: libgeos-c1 (= 3.3.3-1.1) but 3.3.3-2~precise2 is to be installed
E: Unable to correct problems, you have held broken packages.

y libspatialite-dev:

Depends: libspatialite3 (= 3.1.0~rc2-1ubuntu1) but
3.1.0~rc2-2~precise1 is to be installed

¿Hay alguna manera de domesticar esas dependencias y rgdalejecutarlas en Ubuntu?

Mi sessionInfo()

R versión 2.15.1 (2012-06-22) Plataforma: x86_64-pc-linux-gnu (64 bits)

r radek
fuente
1
En Ubuntu 12.04, la instalación de libgdal-dev y libgdal1-dev funcionó bien, ¿tal vez porque Quantal (12.10) es bastante nuevo y los encargados del paquete aún no han actualizado las versiones correctas? (En realidad, ¿por qué está diciendo que va a instalar 3.3.3-2~precise2cuando se está en cuántica?)
mathematical.coffee
1
@ Math.coffee es correcto. Hice esto en QQbeta2 hace unas semanas, pero no recuerdo cómo. Intente configurar el repositorio CRAN en /etc/apt/sources.list en preciselugar de hacerlo quantal.
Ari B. Friedman
2
¿Viste si podrías obtener r-cran-rgdal a través del PPA de Michael?
Dirk Eddelbuettel
Math.Coffee: podría ser demasiado temprano entonces. Ari: Actualicé el repositorio de CRAN, gracias por el consejo. Dirk: Disculpe mi ignorancia - ¿estamos hablando de launchpad.net/~marutter/+archive/c2d4u
radek
@radek, dada la respuesta de Josh O'Brien a continuación para 14.04, puede valer la pena editar su pregunta para que sea más general para otras versiones de Ubuntu. Creo que sería útil tener una pregunta canónica para esto.
amc

Respuestas:

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Puede encontrar una respuesta más reciente aquí: http://robinlovelace.net/r/2013/11/26/installing-rgdal-on-ubuntu.html .

Esencialmente, las tres siguientes líneas de código deberían ordenarlo:

sudo apt-get install aptitude # install aptitude as an alternative to apt-get
sudo aptitude install libgdal-dev # install the package (you may have to respond to queries here)
sudo aptitude install libproj-dev # install the proj.4 projection library

Pasó años en este problema, así que espero que esta respuesta actualizada sea útil para otros. ¡Avísame si es así!

RobinLovelace
fuente
Tuve un problema rgdaluna vez más ... y tropecé con mi propia pregunta aquí. Esta vez su solución resolvió el problema.
radek
Que es útil. Muchas gracias por tomarse el tiempo para grabar estos pasos.
Josh O'Brien
1
sudo apt-get install r-cran-rgdal # este comando también lo hace e instala las dependencias automáticamente
RobinLovelace
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Intente ejecutarlos todos juntos y especificar las versiones, como esta:

sudo apt-get install libgdal1-dev libgdal-dev libgeos-c1=3.3.3-1.1 libspatialite3=3.1.0~rc2-1ubuntu1

A apt-get no le gusta degradar paquetes, pero lo hará si lo especifica.

Rucent88
fuente
Gracias, eso pareció funcionar. ¿Las actualizaciones futuras causarán algún conflicto con dicha solución?
radek el
2
Probablemente puedan causar problemas de actualización, sí. Para evitar que se actualice un paquete, ejecute esto para cada paquete:echo packagename hold | sudo dpkg --set-selections
Rucent88
4

Aquí en enero de 2016, en Ubuntu 14.04.2 (y con R 3.2.2), necesitaba lo siguiente para instalar tanto rgdal como el paquete complementario (y con frecuencia muy útil) gdalUtils :

sudo apt-get update
sudo apt-get -y install libgdal1h
sudo apt-get -y install libgdal1-dev
sudo apt-get install libproj-dev
sudo apt-get install gdal-bin
Rscript 'install.packages(c("rgdal", "gdalUtils"))'

Actualización: a partir de enero de 2017, la versión de libgdal es 1i, por lo que la segunda línea de código debería leer:

sudo apt-get -y install libgdal1i
Josh O'Brien
fuente
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Abra la terminal presionando (Ctrl + alt + T) y escriba el siguiente comando.

sudo apt-get update

sudo apt-get install -f

(Arreglará las dependencias).

sudo apt-get autoremove

(eliminando paquetes innecesarios)

sudo apt-get clean

(Limpiar cache)

Ketan Patel
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Gracias. Probé su solución (la eliminación automática no eliminó nada), desafortunadamente no ayudó.
radek
1
Elimina si hay algún paquete innecesario, a veces es importante eliminarlo cuando su sistema lo tiene.
Ketan Patel
3

Para instalar rgdal en Ubuntu 12.04, tuve que instalar (y mantener) muchos paquetes específicos de la versión. Básicamente probé cada paquete e instalé las versiones requeridas de las dependencias hasta que pude volver al objetivo original, instalar libgdal1-dev

sudo apt-get install libspatialite3=3.0.0~beta20110817-3
echo libspatialite3 hold | sudo dpkg --set-selections
sudo apt-get install libspatialite-dev
sudo apt-get install libgeos-c1=3.3.3-1.1~pgdg12.4+1
echo libgeos-c1 hold | sudo dpkg --set-selections
sudo apt-get install libgdal1=1.9.0-3.1~pgdg12.4+1
echo libgdal1 hold | sudo dpkg --set-selections

sudo apt-get install libgdal-dev
sudo apt-get install libgdal1-dev
gdal-config # now works, and can now install rgdal
toms
fuente