Encontré que cuando quiero cambiar el método de entrada, debería reiniciar X. Pero no quiero cerrar todas las aplicaciones. ¿Como hacer eso?
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No puedes
Lo que puede hacer es iniciar una nueva sesión X en un tty (pantalla) diferente que debería dejar intactas las aplicaciones que se ejecutan en la primera sesión. (Así es como algunos administradores de pantalla [por ejemplo, KDM] permiten múltiples inicios de sesión de diferentes usuarios que usan la misma pantalla / teclado físico).
Las aplicaciones iniciadas en X se eliminarán si reinicia X. No puede evitar eso.
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