Los paquetes de instalación de R 3.5.0 para Ubuntu Xenial (16.04) todavía no existen en los sitios espejo de ubuntu. ¿Existe algún método alternativo para actualizar R a 3.5.0 en ubuntu xenial? Alternativamente, ¿hay un método diferente para actualizar R a 3.5.0?
16.04
software-installation
r
Larry
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Respuestas:
Actualmente, R 3.5 solo está disponible desde un PPA, porque algunos de los paquetes de CRAN tienen problemas para construir con R 3.5.
Proceda bajo su propio riesgo.
El procedimiento que funcionó para mí es:
Elimine todos los
r-cran-*
paquetes de su sistema (YMMV, generalmente estoy instalando paquetes desde el origen y tengo muy pocos de estos)dpkg -l | grep r-cran-
Agregue el PPA de Michael Rutter :
Upgrade R
Instale todos los paquetes que necesita desde el origen (a una biblioteca personal o de sitio a través de
install.packages()
) o instalando elr-cran-*
paquete Ubuntu correspondiente .Utilizo el siguiente script para reinstalar todos los paquetes mis paquetes de mi biblioteca de sitio personal para R 3.4:
Si tiene una máquina con múltiples CPU, puede acelerar el proceso, por ejemplo:
Referencias
Respuesta de Dirk Eddelbuettel a una consulta similar sobre la lista de correo R-SIG-Debian
Pregunta SO relacionada
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Ncpus = 6
de la respuesta. Puede conducir a desaceleraciones inesperadas, especialmente para las personas que (i) no leen el código completamente antes de copiar / pegar; y (ii) lo hará en una computadora personal. La opción tampoco es necesaria para la respuesta.Ncpus = 6
puede ser lento en máquinas débiles, pero nadie debería copiar y pegar sin al menos escanear el código.El sitio de CRAN se ha actualizado desde la respuesta de @ krlmlr a principios de junio: https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/ .
Las instrucciones de CRAN tienen varios pasos, pero el resumen es que el
sources.list
archivo debe hacer referencia a un repositorio específico para las versiones 3.5.xy 3.6.x. La entrada es algo comodeb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial-cran35/
en lugar de la entrada anterior (sin versión) de
deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial/
La descripción relevante del sitio web (que eventualmente cambiará):
editar 2019-05-13: actualización para el lanzamiento del mes pasado de R 3.6.0.
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La
xenial-cran35/
versión del repositorio NO funciona si tiene una "versión predeterminada" establecida en apt, como es el caso en algunas distribuciones que funcionan sobre Ubuntu, como Mint. Para mi distribución de Mint, existe un archivo/etc/apt/apt.conf.d/01ubuntu
dentro del cual declaraDefault-Release "xenial";
Lo que esto significa es que, dado que r-base existe en el repositorio de ubuntu en la versión 3.2, con el lanzamiento "xenial", nunca usará la rama 3.6 del otro repositorio, porque el nombre de lanzamiento para ese repositorio es "xenial-cran35". Necesita editar ese archivo para cambiar la versión predeterminada a "xenail-cran35", o hacer algo más puntiagudo usando archivos de preferencias apt ( https://wiki.debian.org/AptPreferences#A.2Fetc.2Fapt.2Fpreferences ).Esto es básicamente culpa de R por tener un repositorio mal formateado. Deberían haber tenido 2 repos, cada uno de los cuales tenía una carpeta de lanzamiento "xenial", una url para su trabajo de rama 3.2 y otra para el trabajo de rama 3.5+. En cambio, tienen un repositorio, y en su lugar bastardaron el "nombre de la versión", que de alguna manera funciona para Ubuntu base, pero no funcionará si tiene una configuración no base de apt de esta manera.
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Esto debe hacerse así actualmente:
'bionic' se puede cambiar a su versión de ubuntu; verifique los documentos de R: https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/
/programming//a/56378217/4549682
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