Para el menú Win + X, Microsoft decidió utilizar un enfoque completamente nuevo. No encontrará nada en el registro (además de la tecla que modifica el cmd a powershell ...), pero aún es personalizable.
Básicamente los enlaces se almacenan en %LocalAppData%Microsoft\Windows\WinX
pero por alguna razón no son enlaces normales, por lo que la modificación no es completamente trivial. Aquí solo se reconocen los enlaces que tienen un hash agregado. Ahi esta una herramienta que modifica cualquier archivo lnk para que se reconozca en esta carpeta (se puede encontrar una guía paso a paso sobre cómo usarlo) aquí .)
Alternativamente, también hay una herramienta que permite la modificación directa del menú Win + X encontrado aquí . Probablemente se basa en la misma idea. Ambos fueron desarrollados para Windows 8, pero también deberían funcionar en Windows 10.