¿Dónde pongo los comandos para ejecutar scripts?

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Estoy tratando de ejecutar algunos scripts (ya sean python, java, etc). Los desarrolladores en su documentación me dan un código para que yo ingrese. Aquí hay algunos ejemplos: 

java -Xmx2g -jar muTect-XXXX-XX-XX.jar
--analysis_type MuTect
--reference_sequence <reference>
--cosmic <cosmic.vcf>
--dbsnp <dbsnp.vcf>
--intervals <intervals_to_process>
--input_file:normal <normal.bam>
--input_file:tumor <tumor.bam>
--out <call_stats.out>
--coverage_file <coverage.wig.txt>

o 

$ sudo easy_install virtualenv

Esto es lo que he hecho hasta ahora: 1) En Windows 7, he instalado Cygwin; 2) He instalado Ubuntu para cualquier computación basada en Linux.

Mi problema: he intentado poner estos en cygwin, cambiando todas las referencias a las rutas de mis archivos y similares. Sin embargo, parece que no consigo que nada funcione. Supongo que estoy haciendo algo muy básico mal. ¿Alguien tiene alguna idea o un tutorial MUY BÁSICO sobre cómo comenzar? Ni siquiera estoy seguro de qué términos de búsqueda usar en Google para encontrar este tipo de cosas.

Gracias por cualquier ayuda.

linux java python cygwin Gaius Augustus
fuente
Pedir recomendaciones de tutoriales o materiales de aprendizaje está fuera de tema. He mencionado a continuación cómo puedes ejecutar tu programa Java.
Karan
¿Podrías dar más detalles sobre "parece que no puede funcionar nada"? ¿Qué problemas / errores específicos encuentras? En una nota al margen: si bien cygwin es excelente para el comportamiento similar a Unix en algunos aspectos, no es un reemplazo, y como tal no puede proporcionar completamente algunos fundamentos de Linux en los que se basan algunos programas.
Jarmund

Respuestas:

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Debe instalar el Java Runtime Environment (JRE) para ejecutar JAR (que son programas compilados, no scripts).

El JAR se puede iniciar a través del símbolo del sistema cmd normal (no se requiere Cygwin) o incluso haciendo doble clic en el Explorador de Windows. Como desea pasarle argumentos, debe ejecutarlo desde el símbolo del sistema.

Karan
fuente
Gracias, Karan. Instalé JRE, y estoy recibiendo errores. Estoy trabajando con los desarrolladores en por qué es eso. Obtengo los mismos errores del indicador de comando, el terminal en Ubuntu y a través de Windows ... así que supongo que eso significa que estoy en el camino correcto.
Gaius Augustus
Si especifica los errores, alguien aquí puede ayudar, aunque si está relacionado con el programa específico, los desarrolladores son las mejores personas para contactar. ¡Buena suerte!
Karan
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No todos los comandos similares a UNIX funcionarán en Windows, incluso con Cygwin instalado, por lo que esta puede ser la fuente de su confusión.

No ha mencionado si ha instalado Java Runtime (como señala Karen) ni si ha instalado Python. Hacer todo eso bajo Windows / Cygwin realmente complica las cosas. Me apegaría a tu caja de Ubuntu por ahora hasta que comprendas mejor las cosas. Linux (por ejemplo, Ubuntu) es bastante más amigable con la línea de comandos que Windows hasta que aprendes el truco.

Para las aplicaciones Java, probablemente no necesites Cygwin, ya que Java es bastante bueno para ser multiplataforma. Así que intenta ejecutar ese comando desde un símbolo del sistema de Windows. Solo tenga en cuenta que lo ha escrito en varias líneas, si desea ubicarlo directamente en el símbolo del sistema, debe estar en una línea con espacios que reemplacen las líneas nuevas. Además, el comando hace referencia a una serie de recursos y archivos de código que deberán estar todos en la carpeta desde la que está emitiendo el comando a menos que les agregue prefijos de carpeta.

Mi fuerte recomendación para ti es comenzar con Ubuntu y Python. Python es un excelente lenguaje para aprender sobre computadoras y programación y hay cientos de tutoriales realmente buenos a solo un Google de distancia. Usándolos, pasará rápidamente de ejecutar un código Python interactivo básico a cargar código desde un archivo, aprendiendo sobre las carpetas a medida que avanza. Cuando tengas eso ordenado, el resto comenzará a caer en su lugar.

Pasar a los entornos virtuales Java y Python es un poco más avanzado.

Julian Knight
fuente
He hecho lo que Karan y tú mencionaste, instalé JRE y Python. Fui a Ubuntu y traté de trabajar desde allí. Recibo errores del programa java, pero recibo los mismos errores de la línea de comandos, del terminal en Ubuntu y de Windows. Supongo que esto significa que al menos estoy ingresando los comandos en el lugar correcto. (Estoy trabajando con el desarrollador para averiguar por qué recibo errores) Si no tuviera que recoger esto rápidamente para mi trabajo, trabajaría mucho más lentamente. Estoy trabajando rápidamente para obtener los conceptos básicos de Python. ¡Gracias por la ayuda! Lo aprecio.
Gaius Augustus