Pérdida de memoria invisible en Linux - Servidor Ubuntu (¡no caché / buffers de disco!)

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Resumen de agosto de 2015

Tenga en cuenta que esto todavía está sucediendo. Esto no está relacionado con linuxatemyram.com: la memoria no se usa para caché / búfer de disco. Así es como se ve en NewRelic: el sistema pierde toda la memoria, usa todo el espacio de intercambio y luego se bloquea. En esta captura de pantalla, reinicié el servidor antes de que se bloqueara:

ingrese la descripción de la imagen aquí

Es imposible identificar la fuente de la fuga utilizando herramientas comunes de espacio de usuario. Ahora hay una sala de chat para discutir este problema: http://chat.stackexchange.com/rooms/27309/invisible-memory-leak-on-linux

Parece que la única forma de recuperar la memoria "faltante" es reiniciando el servidor. Este ha sido un problema de larga data reproducido en Ubuntu Server 14.04, 14.10 y 15.04.

Parte superior

El uso de la memoria no se muestra en la parte superior y no se puede recuperar incluso después de eliminar casi todos los procesos (excluyendo cosas como los procesos del kernel y ssh). Mire los campos "Memoria caché", "búferes" y "libre" en la parte superior, no están utilizando la memoria, la memoria utilizada está "perdida" e irrecuperable sin un reinicio.

Intentar usar esta memoria "faltante" hace que el servidor se intercambie, ralentice y finalmente se congele.

root@XanBox:~# top -o +%MEM
top - 12:12:13 up 15 days, 20:39,  3 users,  load average: 0.00, 0.06, 0.77
Tasks: 126 total,   1 running, 125 sleeping,   0 stopped,   0 zombie
%Cpu(s):  0.1 us,  0.2 sy,  0.0 ni, 99.7 id,  0.0 wa,  0.1 hi,  0.0 si,  0.0 st
KiB Mem:   2,040,256 total,  1,881,228 used,    159,028 free,     1,348 buffers
KiB Swap:  1,999,868 total,     27,436 used,  1,972,432 free.    67,228 cached Mem

  PID USER      PR  NI    VIRT    RES    SHR S  %CPU %MEM     TIME+ COMMAND
11502 root      20   0  107692   4252   3240 S   0.0  0.2   0:00.06 sshd: deployer [priv]
11336 root      20   0  107692   4248   3240 S   0.0  0.2   0:00.06 sshd: deployer [priv]
11841 root      20   0  107692   4248   3240 S   0.0  0.2   0:00.06 sshd: deployer [priv]
11301 root      20   0   26772   3436   2688 S   0.7  0.2   0:01.30 /usr/sbin/openvpn --writepid /var/run/openvpn.zanview.com.pid --status /var/run/openvpn.zanview.com.status 10 --cd /etc/openvpn --config /etc/openvpn/z+
11385 deployer  20   0   19972   2392   1708 S   0.0  0.1   0:00.03 -bash
11553 deployer  20   0   19972   2388   1708 S   0.0  0.1   0:00.03 -bash
11890 deployer  20   0   19972   2388   1708 S   0.0  0.1   0:00.02 -bash
11889 deployer  20   0  108008   2280    944 S   0.0  0.1   0:00.25 sshd: deployer@pts/3
12009 root      20   0   18308   2228   1608 S   0.0  0.1   0:00.09 -su
12114 root      20   0   18308   2192   1564 S   0.0  0.1   0:00.04 -su
12007 root      20   0   67796   2136   1644 S   0.0  0.1   0:00.01 sudo su -
12112 root      20   0   67796   2136   1644 S   0.0  0.1   0:00.01 sudo su -
12008 root      20   0   67376   2016   1528 S   0.0  0.1   0:00.01 su -
12113 root      20   0   67376   2012   1528 S   0.0  0.1   0:00.01 su -
    1 root      20   0   33644   1988    764 S   0.0  0.1   2:29.77 /sbin/init
11552 deployer  20   0  107692   1952    936 S   0.0  0.1   0:00.07 sshd: deployer@pts/2
11384 deployer  20   0  107692   1948    936 S   0.0  0.1   0:00.06 sshd: deployer@pts/0
12182 root      20   0   20012   1516   1012 R   0.7  0.1   0:00.08 top -o +%MEM
 1152 message+  20   0   39508   1448    920 S   0.0  0.1   1:40.01 dbus-daemon --system --fork
 1791 root      20   0  279832   1312    816 S   0.0  0.1   1:16.18 /usr/lib/policykit-1/polkitd --no-debug
 1186 root      20   0   43736    984    796 S   0.0  0.0   1:13.07 /lib/systemd/systemd-logind
 1212 syslog    20   0  256228    688    184 S   0.0  0.0   1:41.29 rsyslogd
 5077 root      20   0   25324    648    520 S   0.0  0.0   0:34.35 /usr/sbin/hostapd -B -P /var/run/hostapd.pid /etc/hostapd/hostapd.conf
  336 root      20   0   19476    512    376 S   0.0  0.0   0:07.40 upstart-udev-bridge --daemon
  342 root      20   0   51228    468    344 S   0.0  0.0   0:00.85 /lib/systemd/systemd-udevd --daemon
 1097 root      20   0   15276    364    256 S   0.0  0.0   0:06.39 upstart-file-bridge --daemon
 4921 root      20   0   61364    364    240 S   0.0  0.0   0:00.05 /usr/sbin/sshd -D
  745 root      20   0   15364    252    180 S   0.0  0.0   0:06.51 upstart-socket-bridge --daemon
 4947 root      20   0   23656    168    100 S   0.0  0.0   0:14.70 cron
11290 daemon    20   0   19140    164      0 S   0.0  0.0   0:00.00 atd
  850 root      20   0   23420     80     16 S   0.0  0.0   0:11.00 rpcbind
  872 statd     20   0   21544      8      4 S   0.0  0.0   0:00.00 rpc.statd -L
 4880 root      20   0   14540      4      0 S   0.0  0.0   0:00.00 /sbin/getty -8 38400 tty4
 4883 root      20   0   14540      4      0 S   0.0  0.0   0:00.00 /sbin/getty -8 38400 tty5
 4890 root      20   0   14540      4      0 S   0.0  0.0   0:00.00 /sbin/getty -8 38400 tty2
 4891 root      20   0   14540      4      0 S   0.0  0.0   0:00.00 /sbin/getty -8 38400 tty3
 4894 root      20   0   14540      4      0 S   0.0  0.0   0:00.00 /sbin/getty -8 38400 tty6
 4919 root      20   0    4368      4      0 S   0.0  0.0   0:00.00 acpid -c /etc/acpi/events -s /var/run/acpid.socket
 5224 root      20   0   24048      4      0 S   0.0  0.0   0:00.00 /usr/sbin/rpc.mountd --manage-gids
 6160 root      20   0   14540      4      0 S   0.0  0.0   0:00.00 /sbin/getty -8 38400 tty1
    2 root      20   0       0      0      0 S   0.0  0.0   0:03.44 [kthreadd]
    3 root      20   0       0      0      0 S   0.0  0.0   1:04.63 [ksoftirqd/0]
    5 root       0 -20       0      0      0 S   0.0  0.0   0:00.00 [kworker/0:0H]
    7 root      20   0       0      0      0 S   0.0  0.0  16:03.32 [rcu_sched]
    8 root      20   0       0      0      0 S   0.0  0.0   4:08.79 [rcuos/0]
    9 root      20   0       0      0      0 S   0.0  0.0   4:10.42 [rcuos/1]
   10 root      20   0       0      0      0 S   0.0  0.0   4:30.71 [rcuos/2]

Hardware

He observado esto en 3 servidores de alrededor de 100 hasta ahora (aunque otros pueden verse afectados). Uno es un Intel Atom D525 @ 1.8ghz y los otros 2 son Core2Duo E4600 y Q6600. Uno está usando un controlador JMC250 PCI Express Gigabit Ethernet JMicron Technology Corp., los otros están usando Qualcomm Atheros Attansic L1 Gigabit Ethernet (rev b0).

Ejecuté lshw en los servidores problemáticos, así como en un servidor OK de ejemplo. Servidores con problemas: http://pastie.org/10370534 http://pastie.org/10370537 y http://pastie.org/10370541 - Servidor OK: http://pastie.org/10370544

Solicitud

Esta es una aplicación completamente sin cabeza. No hay un monitor conectado y, de hecho, no hay ningún XServer instalado. Esto debería descartar controladores / problemas gráficos.

El servidor se usa para proxy y analizar video RTSP usando live555ProxyServer, ffmpeg y openCV. Estos servidores atraviesan mucho tráfico porque esta es una aplicación de CCTV: http://pastie.org/9558324

He probado las versiones troncales muy antiguas y recientes de live555, ffmpeg y openCV sin cambios. También he intentado usar opencv a través de los módulos python2 y python3, sin cambios.

Se ha cargado exactamente el mismo software / configuración en cerca de 100 servidores, hasta ahora se confirma que 3 pierden memoria. Los servidores pierden lenta y sigilosamente alrededor de xMB (uno pierde 8MB, uno es más lento, uno es más rápido) por hora hasta que se acabe todo el ram, los servidores comienzan a intercambiarse fuertemente, se ralentizan y requieren un reinicio.

Meminfo

Una vez más, puede ver que el caché y los búferes no usan mucha memoria. HugePages también está deshabilitado, por lo que este no es el culpable.

root@XanBox:~# cat /proc/meminfo
MemTotal:          2,040,256 kB
MemFree:             159,004 kB
Buffers:               1,348 kB
Cached:               67,228 kB
SwapCached:            9,940 kB
Active:               10,788 kB
Inactive:             81,120 kB
Active(anon):          1,900 kB
Inactive(anon):       21,512 kB
Active(file):          8,888 kB
Inactive(file):       59,608 kB
Unevictable:               0 kB
Mlocked:                   0 kB
SwapTotal:         1,999,868 kB
SwapFree:          1,972,432 kB
Dirty:                     0 kB
Writeback:                 0 kB
AnonPages:            14,496 kB
Mapped:                8,160 kB
Shmem:                    80 kB
Slab:                 33,472 kB
SReclaimable:         17,660 kB
SUnreclaim:           15,812 kB
KernelStack:           1,064 kB
PageTables:            3,992 kB
NFS_Unstable:              0 kB
Bounce:                    0 kB
WritebackTmp:              0 kB
CommitLimit:       3,019,996 kB
Committed_AS:         94,520 kB
VmallocTotal: 34,359,738,367 kB
VmallocUsed:         535,936 kB
VmallocChunk: 34,359,147,772 kB
HardwareCorrupted:         0 kB
AnonHugePages:             0 kB
HugePages_Total:           0
HugePages_Free:            0
HugePages_Rsvd:            0
HugePages_Surp:            0
Hugepagesize:          2,048 kB
DirectMap4k:          62,144 kB
DirectMap2M:       2,025,472 kB

Salida libre

Free muestra lo siguiente (la nota en caché y los buffers son bajos, por lo que no se trata de caché de disco o buffers): la memoria no es recuperable sin un reinicio: 

root@XanBox:~# free -m
             total       used       free     shared    buffers     cached
Mem:         1,992      1,838        153          0          1         66

Si restamos / agregamos los búferes / caché a Usado y Libre, vemos:

  • 1,772MB realmente utilizado (- Buffers / Cache) = 1,838MB usado - 1MB buffers - 66MB cache
  • 220 MB realmente gratis (+ buffers / caché) = 154 MB gratis + 1 MB de buffers + 66 MB de caché

Exactamente como esperamos:

-/+ buffers/cache:      1,772        220

Entonces, el espacio de usuario no usa alrededor de 1.7GB y, de hecho, el kernel lo usa, ya que el sistema en realidad usa 53.7MB (vea la salida de PS Mem a continuación).

Estoy sorprendido con la cantidad de comentarios que piensan que 1.7GB se usa para el almacenamiento en caché / buffers, ¡esto es fundamentalmente leer mal la salida! - esta línea significa memoria usada excluyendo buffers / cache , vea linuxatemyram.com para más detalles.

Salida PS

Aquí hay una lista completa de los procesos en ejecución ordenados por memoria:

# ps -e -o pid,vsz,comm= | sort -n -k 2
    2      0 kthreadd
    3      0 ksoftirqd/0
    5      0 kworker/0:0H
    7      0 rcu_sched
    8      0 rcuos/0
    9      0 rcuos/1
   10      0 rcuos/2
   11      0 rcuos/3
   12      0 rcu_bh
   13      0 rcuob/0
   14      0 rcuob/1
   15      0 rcuob/2
   16      0 rcuob/3
   17      0 migration/0
   18      0 watchdog/0
   19      0 watchdog/1
   20      0 migration/1
   21      0 ksoftirqd/1
   23      0 kworker/1:0H
   24      0 watchdog/2
   25      0 migration/2
   26      0 ksoftirqd/2
   28      0 kworker/2:0H
   29      0 watchdog/3
   30      0 migration/3
   31      0 ksoftirqd/3
   32      0 kworker/3:0
   33      0 kworker/3:0H
   34      0 khelper
   35      0 kdevtmpfs
   36      0 netns
   37      0 writeback
   38      0 kintegrityd
   39      0 bioset
   41      0 kblockd
   42      0 ata_sff
   43      0 khubd
   44      0 md
   45      0 devfreq_wq
   46      0 kworker/0:1
   47      0 kworker/1:1
   48      0 kworker/2:1
   50      0 khungtaskd
   51      0 kswapd0
   52      0 ksmd
   53      0 khugepaged
   54      0 fsnotify_mark
   55      0 ecryptfs-kthrea
   56      0 crypto
   68      0 kthrotld
   70      0 scsi_eh_0
   71      0 scsi_eh_1
   92      0 deferwq
   93      0 charger_manager
   94      0 kworker/1:2
   95      0 kworker/3:2
  149      0 kpsmoused
  155      0 jbd2/sda1-8
  156      0 ext4-rsv-conver
  316      0 jbd2/sda3-8
  317      0 ext4-rsv-conver
  565      0 kmemstick
  770      0 cfg80211
  818      0 hd-audio0
  853      0 kworker/2:2
  953      0 rpciod
  PID    VSZ
 1714      0 kauditd
11335      0 kworker/0:2
12202      0 kworker/u8:2
20228      0 kworker/u8:0
25529      0 kworker/u9:1
28305      0 kworker/u9:2
29822      0 lockd
 4919   4368 acpid
 4074   7136 ps
 6681  10232 dhclient
 4880  14540 getty
 4883  14540 getty
 4890  14540 getty
 4891  14540 getty
 4894  14540 getty
 6160  14540 getty
14486  15260 upstart-socket-
14489  15276 upstart-file-br
12009  18308 bash
12114  18308 bash
12289  18308 bash
 4075  19008 sort
11290  19140 atd
14483  19476 upstart-udev-br
11385  19972 bash
11553  19972 bash
11890  19972 bash
29503  21544 rpc.statd
 2847  23384 htop
  850  23420 rpcbind
29588  23480 rpc.idmapd
 4947  23656 cron
29833  24048 rpc.mountd
 5077  25324 hostapd
11301  26912 openvpn
    1  37356 init
 1152  39508 dbus-daemon
14673  43452 systemd-logind
14450  51204 systemd-udevd
 4921  61364 sshd
12008  67376 su
12113  67376 su
12288  67376 su
12007  67796 sudo
12112  67796 sudo
12287  67796 sudo
11336 107692 sshd
11384 107692 sshd
11502 107692 sshd
11841 107692 sshd
11552 108008 sshd
11889 108008 sshd
 1212 256228 rsyslogd
 1791 279832 polkitd
 4064 335684 whoopsie

Aquí hay una lista completa de todos los procesos en ejecución:

root@XanBox:~# ps aux
USER       PID %CPU %MEM    VSZ   RSS TTY      STAT START   TIME COMMAND
root         1  0.0  0.0  33644  1988 ?        Ss   Jul21   2:29 /sbin/init
root         2  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:03 [kthreadd]
root         3  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   1:04 [ksoftirqd/0]
root         5  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul21   0:00 [kworker/0:0H]
root         7  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21  16:03 [rcu_sched]
root         8  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   4:08 [rcuos/0]
root         9  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   4:10 [rcuos/1]
root        10  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   4:30 [rcuos/2]
root        11  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   4:28 [rcuos/3]
root        12  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:00 [rcu_bh]
root        13  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:00 [rcuob/0]
root        14  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:00 [rcuob/1]
root        15  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:00 [rcuob/2]
root        16  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:00 [rcuob/3]
root        17  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:13 [migration/0]
root        18  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:08 [watchdog/0]
root        19  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:07 [watchdog/1]
root        20  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:13 [migration/1]
root        21  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   1:03 [ksoftirqd/1]
root        23  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul21   0:00 [kworker/1:0H]
root        24  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:07 [watchdog/2]
root        25  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:23 [migration/2]
root        26  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   1:01 [ksoftirqd/2]
root        28  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul21   0:00 [kworker/2:0H]
root        29  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:07 [watchdog/3]
root        30  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:23 [migration/3]
root        31  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   1:03 [ksoftirqd/3]
root        32  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:00 [kworker/3:0]
root        33  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul21   0:00 [kworker/3:0H]
root        34  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul21   0:00 [khelper]
root        35  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:00 [kdevtmpfs]
root        36  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul21   0:00 [netns]
root        37  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul21   0:00 [writeback]
root        38  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul21   0:00 [kintegrityd]
root        39  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul21   0:00 [bioset]
root        41  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul21   0:00 [kblockd]
root        42  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul21   0:00 [ata_sff]
root        43  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:00 [khubd]
root        44  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul21   0:00 [md]
root        45  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul21   0:00 [devfreq_wq]
root        46  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21  18:51 [kworker/0:1]
root        47  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:00 [kworker/1:1]
root        48  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   1:14 [kworker/2:1]
root        50  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:01 [khungtaskd]
root        51  0.4  0.0      0     0 ?        S    Jul21  95:51 [kswapd0]
root        52  0.0  0.0      0     0 ?        SN   Jul21   0:00 [ksmd]
root        53  0.0  0.0      0     0 ?        SN   Jul21   0:28 [khugepaged]
root        54  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:00 [fsnotify_mark]
root        55  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:00 [ecryptfs-kthrea]
root        56  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul21   0:00 [crypto]
root        68  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul21   0:00 [kthrotld]
root        70  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:00 [scsi_eh_0]
root        71  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:00 [scsi_eh_1]
root        92  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul21   0:00 [deferwq]
root        93  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul21   0:00 [charger_manager]
root        94  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   1:05 [kworker/1:2]
root        95  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   1:08 [kworker/3:2]
root       149  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul21   0:00 [kpsmoused]
root       155  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   3:39 [jbd2/sda1-8]
root       156  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul21   0:00 [ext4-rsv-conver]
root       316  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   1:28 [jbd2/sda3-8]
root       317  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul21   0:00 [ext4-rsv-conver]
root       336  0.0  0.0  19476   512 ?        S    Jul21   0:07 upstart-udev-bridge --daemon
root       342  0.0  0.0  51228   468 ?        Ss   Jul21   0:00 /lib/systemd/systemd-udevd --daemon
root       565  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul21   0:00 [kmemstick]
root       745  0.0  0.0  15364   252 ?        S    Jul21   0:06 upstart-socket-bridge --daemon
root       770  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul21   0:00 [cfg80211]
root       818  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul21   0:00 [hd-audio0]
root       850  0.0  0.0  23420    80 ?        Ss   Jul21   0:11 rpcbind
root       853  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:00 [kworker/2:2]
statd      872  0.0  0.0  21544     8 ?        Ss   Jul21   0:00 rpc.statd -L
root       953  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul21   0:00 [rpciod]
root      1097  0.0  0.0  15276   364 ?        S    Jul21   0:06 upstart-file-bridge --daemon
message+  1152  0.0  0.0  39508  1448 ?        Ss   Jul21   1:40 dbus-daemon --system --fork
root      1157  0.0  0.0  23480     0 ?        Ss   Jul21   0:00 rpc.idmapd
root      1186  0.0  0.0  43736   984 ?        Ss   Jul21   1:13 /lib/systemd/systemd-logind
syslog    1212  0.0  0.0 256228   688 ?        Ssl  Jul21   1:41 rsyslogd
root      1714  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:00 [kauditd]
root      1791  0.0  0.0 279832  1312 ?        Sl   Jul21   1:16 /usr/lib/policykit-1/polkitd --no-debug
root      4880  0.0  0.0  14540     4 tty4     Ss+  Jul21   0:00 /sbin/getty -8 38400 tty4
root      4883  0.0  0.0  14540     4 tty5     Ss+  Jul21   0:00 /sbin/getty -8 38400 tty5
root      4890  0.0  0.0  14540     4 tty2     Ss+  Jul21   0:00 /sbin/getty -8 38400 tty2
root      4891  0.0  0.0  14540     4 tty3     Ss+  Jul21   0:00 /sbin/getty -8 38400 tty3
root      4894  0.0  0.0  14540     4 tty6     Ss+  Jul21   0:00 /sbin/getty -8 38400 tty6
root      4919  0.0  0.0   4368     4 ?        Ss   Jul21   0:00 acpid -c /etc/acpi/events -s /var/run/acpid.socket
root      4921  0.0  0.0  61364   364 ?        Ss   Jul21   0:00 /usr/sbin/sshd -D
root      4947  0.0  0.0  23656   168 ?        Ss   Jul21   0:14 cron
root      5077  0.0  0.0  25324   648 ?        Ss   Jul21   0:34 /usr/sbin/hostapd -B -P /var/run/hostapd.pid /etc/hostapd/hostapd.conf
root      5192  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:00 [lockd]
root      5224  0.0  0.0  24048     4 ?        Ss   Jul21   0:00 /usr/sbin/rpc.mountd --manage-gids
root      6160  0.0  0.0  14540     4 tty1     Ss+  Jul21   0:00 /sbin/getty -8 38400 tty1
root      6681  0.0  0.0  10232     0 ?        Ss   11:07   0:00 dhclient -1 -v -pf /run/dhclient.eth0.pid -lf /var/lib/dhcp/dhclient.eth0.leases eth0
root      9452  0.0  0.0      0     0 ?        S    11:28   0:00 [kworker/u8:1]
root      9943  0.0  0.0      0     0 ?        S    11:42   0:00 [kworker/u8:0]
daemon   11290  0.0  0.0  19140   164 ?        Ss   11:59   0:00 atd
root     11301  0.2  0.1  26772  3436 ?        Ss   12:00   0:01 /usr/sbin/openvpn --writepid /var/run/openvpn.zanview.com.pid --status /var/run/openvpn.zanview.com.status 10 --cd /etc/openvpn --config /etc/openvpn/zanvie
root     11335  0.0  0.0      0     0 ?        S    12:01   0:00 [kworker/0:2]
root     11336  0.0  0.2 107692  4248 ?        Ss   12:01   0:00 sshd: deployer [priv]
deployer 11384  0.0  0.0 107692  1948 ?        S    12:01   0:00 sshd: deployer@pts/0
deployer 11385  0.0  0.1  19972  2392 pts/0    Ss+  12:01   0:00 -bash
root     11502  0.0  0.2 107692  4252 ?        Ss   12:01   0:00 sshd: deployer [priv]
deployer 11552  0.0  0.0 107692  1952 ?        S    12:01   0:00 sshd: deployer@pts/2
deployer 11553  0.0  0.1  19972  2388 pts/2    Ss   12:01   0:00 -bash
root     11841  0.0  0.2 107692  4248 ?        Ss   12:02   0:00 sshd: deployer [priv]
deployer 11889  0.0  0.1 108008  2280 ?        S    12:02   0:00 sshd: deployer@pts/3
deployer 11890  0.0  0.1  19972  2388 pts/3    Ss   12:02   0:00 -bash
root     12007  0.0  0.1  67796  2136 pts/3    S    12:02   0:00 sudo su -
root     12008  0.0  0.0  67376  2016 pts/3    S    12:02   0:00 su -
root     12009  0.0  0.1  18308  2228 pts/3    S+   12:02   0:00 -su
root     12112  0.0  0.1  67796  2136 pts/2    S    12:08   0:00 sudo su -
root     12113  0.0  0.0  67376  2012 pts/2    S    12:08   0:00 su -
root     12114  0.0  0.1  18308  2192 pts/2    S    12:08   0:00 -su
root     12180  0.0  0.0  15568  1160 pts/2    R+   12:09   0:00 ps aux
root     25529  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul28   0:09 [kworker/u9:1]
root     28305  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Aug05   0:00 [kworker/u9:2]

PS Mem Output

También probé el ps_mem.py de https://github.com/pixelb/ps_mem

root@XanBox:~/ps_mem# python ps_mem.py
 Private  +   Shared  =  RAM used   Program

144.0 KiB +   9.5 KiB = 153.5 KiB   acpid
172.0 KiB +  29.5 KiB = 201.5 KiB   atd
248.0 KiB +  35.0 KiB = 283.0 KiB   cron
272.0 KiB +  84.0 KiB = 356.0 KiB   upstart-file-bridge
276.0 KiB +  84.5 KiB = 360.5 KiB   upstart-socket-bridge
280.0 KiB + 102.5 KiB = 382.5 KiB   upstart-udev-bridge
332.0 KiB +  54.5 KiB = 386.5 KiB   rpc.idmapd
368.0 KiB +  91.5 KiB = 459.5 KiB   rpcbind
388.0 KiB + 251.5 KiB = 639.5 KiB   systemd-logind
668.0 KiB +  43.5 KiB = 711.5 KiB   hostapd
576.0 KiB + 157.5 KiB = 733.5 KiB   systemd-udevd
676.0 KiB +  65.5 KiB = 741.5 KiB   rpc.mountd
604.0 KiB + 163.0 KiB = 767.0 KiB   rpc.statd
908.0 KiB +  62.5 KiB = 970.5 KiB   dbus-daemon [updated]
932.0 KiB + 117.0 KiB =   1.0 MiB   getty [updated] (6)
  1.0 MiB +  69.5 KiB =   1.1 MiB   openvpn
  1.0 MiB + 137.0 KiB =   1.2 MiB   polkitd
  1.5 MiB + 202.0 KiB =   1.7 MiB   htop
  1.4 MiB + 306.5 KiB =   1.7 MiB   whoopsie
  1.4 MiB + 279.0 KiB =   1.7 MiB   su (3)
  1.5 MiB + 268.5 KiB =   1.8 MiB   sudo (3)
  2.2 MiB +  11.5 KiB =   2.3 MiB   dhclient
  3.9 MiB + 741.0 KiB =   4.6 MiB   bash (6)
  5.3 MiB + 254.5 KiB =   5.5 MiB   init
  2.7 MiB +   3.3 MiB =   6.1 MiB   sshd (7)
 18.1 MiB +  56.5 KiB =  18.2 MiB   rsyslogd
---------------------------------
                         53.7 MiB
=================================

Salida de tablero

También probé slabtop:

root@XanBox:~# slabtop -sc
 Active / Total Objects (% used)    : 131306 / 137558 (95.5%)
 Active / Total Slabs (% used)      : 3888 / 3888 (100.0%)
 Active / Total Caches (% used)     : 63 / 105 (60.0%)
 Active / Total Size (% used)       : 27419.31K / 29580.53K (92.7%)
 Minimum / Average / Maximum Object : 0.01K / 0.21K / 8.00K

  OBJS ACTIVE  USE OBJ SIZE  SLABS OBJ/SLAB CACHE SIZE NAME
  8288   7975  96%    0.57K    296       28      4736K inode_cache
 14259  12858  90%    0.19K    679       21      2716K dentry
  2384   1943  81%    0.96K    149       16      2384K ext4_inode_cache
 20916  20494  97%    0.11K    581       36      2324K sysfs_dir_cache
   624    554  88%    2.00K     39       16      1248K kmalloc-2048
   195    176  90%    5.98K     39        5      1248K task_struct
  6447   6387  99%    0.19K    307       21      1228K kmalloc-192
  2128   1207  56%    0.55K     76       28      1216K radix_tree_node
   768    761  99%    1.00K     48       16       768K kmalloc-1024
   176    155  88%    4.00K     22        8       704K kmalloc-4096
  1100   1100 100%    0.63K     44       25       704K proc_inode_cache
  1008   1008 100%    0.66K     42       24       672K shmem_inode_cache
  2640   2262  85%    0.25K    165       16       660K kmalloc-256
   300    300 100%    2.06K     20       15       640K sighand_cache
  5967   5967 100%    0.10K    153       39       612K buffer_head
  1152   1053  91%    0.50K     72       16       576K kmalloc-512
  3810   3810 100%    0.13K    127       30       508K ext4_allocation_context
    60     60 100%    8.00K     15        4       480K kmalloc-8192
   225    225 100%    2.06K     15       15       480K idr_layer_cache
  7616   7324  96%    0.06K    119       64       476K kmalloc-64
   700    700 100%    0.62K     28       25       448K sock_inode_cache
   252    252 100%    1.75K     14       18       448K TCP
  8925   8544  95%    0.05K    105       85       420K shared_policy_node
  3072   2351  76%    0.12K     96       32       384K kmalloc-128
   360    360 100%    1.06K     12       30       384K signal_cache
   432    337  78%    0.88K     24       18       384K mm_struct

Otro

También intenté buscar un rootkit con rkhunter; no encontró nada. E intenté sincronizar y volcar caché con:

sync; sync; sync; echo 3 > /proc/sys/vm/drop_caches

Tampoco hizo ninguna diferencia.

También intenté forzar el intercambio o deshabilitar el intercambio con:

sudo sysctl -w vm.swappiness=100
sudo swapoff /dev/sda2

También intenté usar htop y ordenar por memoria y tampoco muestra a dónde va la memoria. La versión del kernel es Linux 3.13.0-40-generic # 69-Ubuntu SMP.

Salida de Dmesg: http://pastie.org/9558255 salida de smem: http://pastie.org/9558290

Conclusión

Que esta pasando? - ¿A dónde va todo el recuerdo? - ¿Cómo me entero?

linux ubuntu memory Hackeron
fuente
2
posible duplicado de Linux: descubra qué proceso está utilizando toda la RAM?
Colin Pickard
Está leyendo mal la salida: el almacenamiento en caché de E / S es solo de 65, no de 1771 ...
Hackeron
1
@ user50300: linuxnix.com/2013/05/find-ram-size-in-linuxunix.html Usó mem - (buffers + cache) = ram utilizado por las aplicaciones.
Frank Thomas
@FrankThomas He intentado todo eso, por favor lea mi pregunta con más cuidado.
Hackeron
2
Intente ver si algún proceso no liberó la memoria correctamente:sync && sudo echo 3 > /proc/sys/vm/drop_caches
Hastur

Respuestas:

7

Mi conclusión es que es una pérdida de memoria del kernel en algún lugar del kernel de Linux, es por eso que ninguna de las herramientas del espacio de usuario puede mostrar dónde se pierde la memoria. Tal vez está relacionado con esta pregunta: /server/670423/linux-memory-usage-higher-than-sum-of-processes

¡Actualicé la versión del kernel de 3.13 a 3.19 y parece que la pérdida de memoria se ha detenido! - Informaré si veo una fuga nuevamente.

Todavía sería útil tener una forma fácil / fácil de ver cuánta memoria se usa para diferentes partes del kernel de Linux. Todavía es un misterio qué causó la fuga en 3.13.

Hackeron
fuente
2

Historia

Puedo reproducir su problema usando ZFS en Linux .

Aquí hay un servidor llamado node51con 20GBRAM. Marqué 16GiBde RAM para ser asignable a las ZFS caché de reemplazo adaptativo (ARC) :

root@node51 [~]# echo 17179869184 > /sys/module/zfs/parameters/zfs_arc_max
root@node51 [~]# grep c_max /proc/spl/kstat/zfs/arcstats
c_max                           4    17179869184

Luego, leí un 45GiBarchivo usando Pipe Viewer en mi grupo de ZFS zeltikpara llenar el ARC:

root@node51 [~]# pv /zeltik/backup-backups/2014.04.11.squashfs > /dev/zero
  45GB 0:01:20 [ 575MB/s] [==================================>] 100%

Ahora mira la memoria libre:

root@node51 [~]# free -m
             total       used       free     shared    buffers     cached
Mem:         20013      19810        203          1         51         69
-/+ buffers/cache:      19688        324
Swap:         7557          0       7556

¡Mira!

51MiBen buffers
69MiBen caché
120MiBen
19688MiBRAM de uso, incluidos buffers y caché
19568MiBde RAM en uso, excluyendo buffers y caché

El script de Python al que hizo referencia informa que las aplicaciones solo usan una pequeña cantidad de RAM:

root@node51 [~]# python ps_mem.py
 Private  +   Shared  =  RAM used       Program

148.0 KiB +  54.0 KiB = 202.0 KiB       acpid
176.0 KiB +  47.0 KiB = 223.0 KiB       swapspace
184.0 KiB +  51.0 KiB = 235.0 KiB       atd
220.0 KiB +  57.0 KiB = 277.0 KiB       rpc.idmapd
304.0 KiB +  62.0 KiB = 366.0 KiB       irqbalance
312.0 KiB +  64.0 KiB = 376.0 KiB       sftp-server
308.0 KiB +  89.0 KiB = 397.0 KiB       rpcbind
300.0 KiB + 104.5 KiB = 404.5 KiB       cron
368.0 KiB +  99.0 KiB = 467.0 KiB       upstart-socket-bridge
560.0 KiB + 180.0 KiB = 740.0 KiB       systemd-logind
724.0 KiB +  93.0 KiB = 817.0 KiB       dbus-daemon
720.0 KiB + 136.0 KiB = 856.0 KiB       systemd-udevd
912.0 KiB + 118.5 KiB =   1.0 MiB       upstart-udev-bridge
920.0 KiB + 180.0 KiB =   1.1 MiB       rpc.statd (2)
  1.0 MiB + 129.5 KiB =   1.1 MiB       screen
  1.1 MiB +  84.5 KiB =   1.2 MiB       upstart-file-bridge
960.0 KiB + 452.0 KiB =   1.4 MiB       getty (6)
  1.6 MiB + 143.0 KiB =   1.7 MiB       init
  5.1 MiB +   1.5 MiB =   6.5 MiB       bash (3)
  5.7 MiB +   5.2 MiB =  10.9 MiB       sshd (8)
 11.7 MiB + 322.0 KiB =  12.0 MiB       glusterd
 27.3 MiB +  99.0 KiB =  27.4 MiB       rsyslogd
 67.4 MiB + 453.0 KiB =  67.8 MiB       glusterfsd (2)
---------------------------------
                        137.4 MiB
=================================

19568MiB - 137.4MiB ≈ 19431MiB de RAM no contabilizada

Explicación

La cantidad 120MiBde buffers y caché utilizada que viste en la historia anterior explica el comportamiento eficiente del kernel de almacenar en caché los datos enviados o recibidos desde un dispositivo externo.

La primera fila, denominada Mem , muestra la utilización de la memoria física, incluida la cantidad de memoria asignada a las memorias intermedias y los cachés. Un búfer, también llamado memoria de búfer , generalmente se define como una parte de la memoria que se reserva como un lugar de almacenamiento temporal para los datos que se envían o reciben de un dispositivo externo, como un HDD, teclado, impresora o red.

La segunda línea de datos, que comienza con - / + buffers / cache , muestra la cantidad de memoria física actualmente dedicada al caché del buffer del sistema . Esto es particularmente significativo con respecto a los programas de aplicación, ya que todos los datos a los que se accede desde los archivos del sistema que se realizan mediante el uso de las llamadas al sistema read () y write () pasan a través de este caché. Este caché puede acelerar enormemente el acceso a los datos al reducir o eliminar la necesidad de leer o escribir en el HDD u otro disco.

Fuente: http://www.linfo.org/free.html

Ahora, ¿cómo explicamos los desaparecidos 19431MiB?

En el free -mresultado anterior, el 19688MiB" usado " en " - / + buffers / cache " proviene de esta fórmula:

(kb_main_used) - (buffers_plus_cached) =
(kb_main_total - kb_main_free) - (kb_main_buffers + kb_main_cached)

kb_main_total:   MemTotal from /proc/meminfo
kb_main_free:    MemFree  from /proc/meminfo
kb_main_buffers: Buffers  from /proc/meminfo
kb_main_cached:  Cached   from /proc/meminfo

Fuente: procps / free.c y procps / proc / sysinfo.c

(Si lo hace los números basados en mi free -msalida, se dará cuenta de que 2MiBno se contabilizan, pero eso es debido al redondeo errores introducidos por este código: #define S(X) ( ((unsigned long long)(X) << 10) >> shift))

Los números tampoco suman /proc/meminfo(no grabé /proc/meminfocuando corrí free -m, pero podemos ver en su pregunta que /proc/meminfono muestra dónde está la RAM faltante), por lo que podemos concluir de lo anterior que /proc/meminfono Cuenta toda la historia.

En mis condiciones de prueba, sé como control que ZFS en Linux es responsable del alto uso de RAM. Le dije a su ARC que podría usar hasta 16GiBla RAM del servidor.

ZFS en Linux no es un proceso. Es un módulo del núcleo.

Por lo que he encontrado hasta ahora, el uso de RAM de un módulo de kernel no se mostraría usando herramientas de información de proceso porque el módulo no es un proceso.

Solución de problemas

Desafortunadamente, no sé lo suficiente sobre Linux como para ofrecerle una forma de crear una lista de la cantidad de RAM que usan los componentes que no son de proceso (como el núcleo y sus módulos).

En este punto, podemos especular, adivinar y verificar.

Usted proporcionó una dmesgsalida. Los módulos de kernel bien diseñados registrarían algunos de sus detalles dmesg.

Después de mirar dmesg, un elemento me llamó la atención:FS-Cache

FS-Cachees parte del cachefilesmódulo del kernel y está relacionado con el paquete cachefilesden Debian y Red Hat Enterprise Linux.

Quizás hace algún tiempo, configuró FS-Cacheen un disco RAM para reducir el impacto de las E / S de red a medida que su servidor analiza los datos de video.

Intente deshabilitar cualquier módulo sospechoso del núcleo que pueda estar consumiendo RAM. Probablemente se pueden deshabilitar con blacklistin /etc/modprobe.d/, seguido de a sudo update-initramfs -u(los comandos y las ubicaciones pueden variar según la distribución de Linux).

Conclusión

Una pérdida de memoria está consumiendo 8MB/hrsu RAM y no liberará la RAM, aparentemente sin importar lo que haga. No pude determinar la fuente de su pérdida de memoria en función de la información que proporcionó, ni pude ofrecer una manera de encontrar esa pérdida de memoria.

Alguien que tenga más experiencia con Linux que yo necesitará proporcionar información sobre cómo podemos determinar hacia dónde va el "otro" uso de RAM.

He comenzado una recompensa por esta pregunta para ver si podemos obtener una mejor respuesta que "especular, adivinar y verificar".

Deltik
fuente
¡Gracias por eso y gracias por la recompensa! Solo una nota, no habilité ningún almacenamiento en caché, la transmisión de video se analiza en vivo y no hay almacenamiento de red (no hay NFS, SMB, FS_Cache no se usa y no tengo archivos de caché instalados). Intenté mirar todos los módulos del kernel cargados y descargar todo lo que ya no se usaba y que tampoco ayudó :( - Sospecho que tal vez la fuga está en el controlador de red o algo así, pero supongo que tanto el mío como tu pregunta es cómo solucionar esto fuera de adivinar .
Hackeron
1

¿Cambia el Swapiness de su Kernel manualmente o lo deshabilita?

puedes cambiar tu nivel de intercambio actual con

cat /proc/sys/vm/swappiness

Podrías intentar forzar a tu kernel a intercambiarse agresivamente con

sudo sysctl -w vm.swappiness=100

Si esto disminuye sus problemas, encuentre un buen valor entre 1 y 100, que se ajuste a sus necesidades.

Chris
fuente
el intercambio no tiene nada que ver con eso, incluso si apago el intercambio por completo, todavía tengo una situación en la que eliminé todos los procesos de usuario y toda la memoria se agotó.
Hackeron
-2

No tiene toda la razón: sí, su comando free –m muestra 220 MB libres, pero también muestra que 1771 MB se utilizan como buffers. Buffers and Cached es la memoria utilizada por el núcleo para optimizar el acceso a datos de acceso lento, generalmente discos. Por lo tanto, debe considerar toda la memoria marcada como buffers como memoria libre porque el núcleo puede recuperarla cuando sea necesario.

Ver: /server/23433/in-linux-what-is-the-difference-between-buffers-and-cache-reported-by-the-f

Paul
fuente
Actualicé la respuesta para tener esto en cuenta. Lamento decir que está malentendiendo fundamentalmente la salida del comando "libre".
Hackeron